Με καθυστέρηση περίπου τριών χρόνων (!...), ασκήθηκε δίωξη σε βάρος της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας για κακοδιαχείριση στις αγωνιστικές περιόδους 1997/98 και 1998/99. Ο εισαγγελέας Πρωτοδικών, Σπύρος Μουζακίτης, βασιζόμενος σε πόρισμα του Ελεγκτικού Συμβουλίου (που είχε συνταχθεί το 2001) εκτίμησε ότι υφίστανται κακουργηματικά αλλά και πλημμεληματικά παραπτώματα - στις επιχορηγήσεις (ύψους 530.000.000 δραχμών) που αφορούσαν στα έξοδα ομάδων της Δ' Εθνικής κατηγορίας.

Η υπόθεση επιβεβαιώνει πλήρως τη διαπλοκή (τουλάχιστον) ποδοσφαίρου και πολιτικής, και το γεγονός ότι οι νόμοι χρησιμοποιούνται κατά το δοκούν. Και αναδεικνύει τις ευθύνες των πολιτικών προϊσταμένων στον αθλητισμό (Βενιζέλος, Κουράκης, Λιάνης) που τόσα χρόνια κρατούσαν στο συρτάρι το πόρισμα. Χαρακτηριστικό είναι απόσπασμα της ανακοίνωσης που εξέδωσε η ΕΠΟ: «Το συγκεκριμένο πόρισμα έχει τεθεί ήδη με απόφαση της πολιτικής ηγεσίας του υφυπουργείου Αθλητισμού στο αρχείο και έχει διαταχθεί νέος διαχειριστικός έλεγχος, που είναι ήδη σε εξέλιξη»...

Αξίζει να επισημάνουμε ότι στη Δικαιοσύνη δεν το έστειλαν - ως όφειλαν από το νόμο - υπουργός και υφυπουργοί αλλά περιήλθε σε γνώση της από δύο άλλες πηγές. Αφ' ενός τα ΜΜΕ και αφ' ετέρου διότι η ΕΠΟ μήνυσε τα μέλη του Ελεγκτικού Συμβουλίου (τα οποία μάλιστα και άφησαν "ακάλυπτα"...), για παράβαση καθήκοντος. Τη γνωστοποίηση της δίωξης η ΕΠΟ τη σχετίζει με τις εκλογές, υποστηρίζοντας: «Είναι γνωστό πως η άσκηση ποινικής δίωξης κατά παντός υπευθύνου παραγγέλθηκε προ δεκαπέντε ημερών. Το γιατί δόθηκε σήμερα (σ.σ. Τετάρτη) στη δημοσιότητα, παραμονές των εκλογών για την ανάδειξη νέας διοίκησης στην Ε.Π.Ο. (σ.σ. διεξάγονται σήμερα) αφήνεται στη διακριτική ευχέρεια του καθενός να το κρίνει».