Στις Εκθέσεις της ΚΕ και της ΚΕΕ και στις ομιλίες πολλών αντιπροσώπων τέθηκε με οξύτητα το ζήτημα των κανόνων της κομματικής ζωής, της εσωκομματικής πειθαρχίας, της στρατηγικής και τακτικής, των μορφών και των τρόπων πάλης, της αντιστοιχίας του ΚΕΚΡ με στις απαιτήσεις του κόμματος λενινιστικού τύπου. Οπως είναι γνωστό, μια σειρά κομμουνιστές της Οργάνωσης Μόσχας θεωρούν ότι, αν το ΚΕΚΡ ήταν απαγορευμένο και δουλεύοντας στην παρανομία, θα μπορούσε να δράσει αποτελεσματικότερα. Μια τέτοια άποψη διατυπώνεται και σε δηλώσεις της "μειοψηφίας" της Οργάνωσης Μόσχας που μοιράστηκαν στο Συνέδριο. Στην Εκθεση Δράσης αναφέρεται σχετικά μ' αυτό: Η απαίτηση να γίνει κόμμα λενινιστικού τύπου δεν "πετυχαίνεται με άλματα, φωνές, συνθήματα και, ακόμα περισσότερο, με ύβρεις, αλλά με επίμονη δουλιά. Γνωρίζουμε τις ελλείψεις μας καλύτερα από οποιονδήποτε άλλον. Και σε ορισμένους ανυπόμονους και υπερεπαναστάτες συντρόφους, οι οποίοι θεωρούν ότι αυτοί μόνο φροντίζουν για μια τέτοια ποιότητα του κόμματος, σύμφωνα με τη συμβουλή του Ιλιτς, θυμίζουμε τα λόγια του Ενγκελς: "Τι παιδική αφέλεια να προβάλλουν τη δική τους ανυπομονησία ως θεωρητικό επιχείρημα"" (Β. Ι. Λένιν. "Απαντα", τομ. 41, σελ. 51).
Απαντώντας στις εκκλήσεις για τη δημιουργία παράνομου δικτύου, διότι είναι αναπόφευκτη η χρεοκοπία, η ΚΕ αναφέρει στην Εκθεση Δράσης: "Δε χρειάζονται οι φωνές. Πρέπει να ασχοληθούμε με την αξιοποίηση των πιο διαφορετικών μορφών δουλιάς. Μόνο που αυτό δεν έχει τίποτα το κοινό με τον πόλεμο ενάντια σε γύψινα είδωλα ή με παιχνίδια με βάση το βιβλίο του Αρκάντι Γκαϊντάρ... Το να μην κάνει κανείς πρακτικά τίποτα, παρά μόνο να ετοιμάζεται για το μέλλον, είναι ο καλύτερος τρόπος συνωμοτικότητας "σοβαρών" ανθρώπων. Τίποτα ποτέ κανείς δε θα μάθει. Τέτοιοι άνθρωποι υπάρχουν και σε μας. Και αυτό δεν ταιριάζει σε μας". Η θέση της ΚΕ υποστηρίχτηκε θερμά από τους αντιπροσώπους. Το Συνέδριο κήρυξε τα έτη 1999-2000 ως "περίοδο της κομματικής οικοδόμησης, της ολόπλευρης αύξησης των δυνάμεων και των μέσων του ΚΕΚΡ". Ζήτησε από την ΚΕ, τις περιφερειακές κομματικές επιτροπές, απ' όλα τα μέλη του ΚΕΚΡ να ανεβάσουν την πολιτική επαγρύπνηση και να πάρουν τα απαραίτητα μέτρα για την ενίσχυση της ασφάλειας του κόμματος.
Ολη την πριν από το Συνέδριο περίοδο συνεχίστηκε η επεξεργασία της νέας σύνταξης του Προγράμματος του ΚΕΚΡ. Παρουσίασε σχετική εισήγηση για συζήτηση στο Συνέδριο ο γραμματέας της ΚΕ για ιδεολογικά προβλήματα Αλεξέι Σεργκέγεφ. Πριν απ' αυτό ο Τιούλκιν είπε: "Η ΚΕ είναι έτοιμη να υπερασπιστεί όλες τις θέσεις αρχών του Προγράμματος από στη σκοπιά της μαρξιστικής επιστήμης. Δε μιλάμε για συντακτικές προσεγγίσεις, αυτές μπορεί να είναι πολλές. Πρέπει να συμφωνήσουμε στο κύριο, τις λεπτομέρειες θα τις δείξει η ζωή". Πολλές "λεπτομέρειες" υπέδειξαν οι κομμουνιστές κατά την προετοιμασία της νέας σύνταξης του Προγράμματος. Ο Σεργκέγεφ ενημέρωσε ότι η Επιτροπή Προγράμματος έλαβε πάνω από 400 προτάσεις, περισσότερες όμως για την "καλλωπιστική" βελτίωση του κειμένου. Η Επιτροπή εργάστηκε με βάση την αρχή της τελειοποίησης του κειμένου. Διευκρινίστηκαν τα ζητήματα της στάσης απέναντι στη δικτατορία του προλεταριάτου, για τους δρόμους μετάβασης στο σοσιαλισμό, συζητήθηκαν οι αλλαγές που συνδέονται με τις απότομες στροφές στη δεκαετία του '90, για τους συμμάχους κ. λπ. Ολα αυτά και πολλά άλλα ζητήματα τέθηκαν και στο Συνέδριο. Το νέο πρόγραμμα υιοθετήθηκε και θα δημοσιευτεί. Η δε δουλιά πάνω στα θεωρητικά ζητήματα, για παράδειγμα η φύση του καπιταλισμού και του σοσιαλισμού, η ανάλυση του σημερινού σταδίου και άλλα, θα συνεχιστεί.
Το ζήτημα "οι σύμμαχοι και οι συνοδοιπόροι" υπήρξε επίσης στο επίκεντρο της προσοχής των συνέδρων. Διατυπώθηκαν γνώμες, ορισμένες εντελώς αντίθετες. Ετσι, για παράδειγμα, ο αντιπρόσωπος Νόβικοφ από το Τβερ είπε: "Δεν πρέπει να παραιτηθούμε από τη συνεργασία με τους απλούς κομμουνιστές του ΚΚΡΟ. Δεν μπορεί όμως να μη βλέπουμε ότι τον κύριο κίνδυνο για το κομμουνιστικό κίνημα αποτελούν οι θέσεις της ηγεσίας του ΚΚΡΟ, ο δεξιός οπορτουνισμός, οι ιδέες για το όριο της επανάστασης. Εδώ δεν μπορεί να υπάρξει κανένας συμβιβασμός. Το ΚΚΡΟ εγκατέλειψε το διεθνισμό και κατρακύλησε στον εθνικισμό". Ο αντιπρόσωπος Ασέγεφ από το Κουρσκ δήλωσε κατηγορηματικά: "Κομμουνιστής και μέλος του ΚΚΡΟ δεν είναι το ένα και αυτό".
Η άποψη της ΚΕ διατυπώθηκε στην Εκθεση Δράσης: "Λαμβάνοντας υπόψη τις εκτιμήσεις μας για την πολιτική του ΚΚΡΟ, που όλο και περισσότερο κλίνει προς τα δεξιά, η ΚΕ θεωρεί ότι η συνεργασία μαζί του πρέπει να γίνει όπως με ένα σοσιαλδημοκρατικό κόμμα (χωρίς να συμφωνούμε ότι έχουν κομμουνιστική ονομασία). Η τακτική τοπικά πρέπει να καθορίζεται από την κατάσταση. Με το ΚΚΡΟ έχουμε παραδείγματα θετικής συνεργασίας (Λένινγκραντ) και έχουμε εμπειρία ασυμφωνίας και μάλιστα εξαπάτησης (Σβερντλόφσκ, Τιουμέν). Η καλύτερη για μας εκδοχή είναι όταν θα γίνουμε ισχυρότεροι, τότε θα δίνουμε τον τόνο και την κατεύθυνση". Το Συνέδριο ενέκρινε την προσπάθεια του κόμματος να συνεχίσει τη δουλιά μέσα στην Ενωση Κομμουνιστικών Κομμάτων - ΚΚΣΕ και στην Κομμουνιστική Ενωση Ρωσίας. Σε ό,τι αφορά τη συνεργασία με μη κομμουνιστικές οργανώσεις, αναφέρθηκε η θετική πείρα δουλιάς με το Κίνημα Στήριξης του Στρατού, της Αμυντικής Βιομηχανίας και της Πολεμικής Τέχνης, αν και μετά το θάνατο του Λεβ Ρόχλιν "τα πράγματα είναι λιγότερο αποτελεσματικά". Ο Β. Τιούλκιν σημείωσε επίσης ότι φιλικές σχέσεις διαμορφώνονται με τη Ρωσική Παλλαϊκή Ενωση με πρόεδρο τον Σεργκέι Μπαμπούριν. Οι σχέσεις με τη Λαϊκοπατριωτική Ενωση Ρωσίας είναι ίδιες, όπως και με το ΚΚΡΟ, ενώ με το ΚΚΡΟ, όπως και με το κίνημα "Πνευματική Κληρονομιά". Γενικά σ' αυτό το φάσμα των οργανώσεων μια εποικοδομητική συνεργασία είναι δυνατή μόνο σε επιμέρους ενέργειες, ιδιαίτερα αντιΝΑΤΟικού χαρακτήρα και για την υπεράσπιση του ρωσόφωνου πληθυσμού στις άλλες Δημοκρατίες, έχοντας υπόψη τις τοπικές συνθήκες.
Σχετικά με τα παραπάνω, στην απόφαση του Συνεδρίου αναφέρεται: "Το ΚΕΚΡ θεωρεί συμμάχους στον αγώνα τα κόμματα της Κομμουνιστικής Ενωσης Ρωσίας, το κίνημα και τις οργανώσεις του συνασπισμού "Κομμουνιστές - Εργαζόμενη Ρωσία - Για τη Σοβιετική Ενωση" και άλλα τμήματα του εργατικού κινήματος, καθώς και κοινωνικές δυνάμεις που στην πράξη εκδηλώνονται ως αντιαστικές, ως σταθεροί υπερασπιστές των συμφερόντων των εργαζομένων". Το Συνέδριο πρότεινε στα κόμματα της Κομμουνιστικής Ενωσης Ρωσίας, σε άλλες κομμουνιστικές ομάδες την ενδεχόμενη ενοποίηση σε ενιαίο κόμμα. Το ΚΕΚΡ είναι έτοιμο να προχωρήσει σε συνομιλίες με τα καθοδηγητικά όργανα κάθε οργάνωσης για το μηχανισμό και τις προθεσμίες ενοποίησης των κομμουνιστών.