Σημαντικές μαρτυρίες για τη ναυσιπλοΐα και το εμπόριο στο Αιγαίο, κατά τη μυκηναϊκή, κλασική, ρωμαϊκή και βυζαντινή περίοδο, έφεραν στο φως οι υποβρύχιες αρχαιολογικές έρευνες του Ινστιτούτου Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών (ΙΕΝΑΕ) το 2006.

Στον Αργοσαρωνικό ερευνήθηκε αρχαίο ναυάγιο 3.200 ετών, της Υστερης Εποχής του Χαλκού (12ος αι. π.Χ.), στη βραχονησίδα Μόδι ή Λιοντάρι νότια του Πόρου. Ολοκληρώθηκε η τοπογραφική και σχεδιαστική αποτύπωση όλων των επιφανειακών ευρημάτων του φορτίου του ναυαγίου, που περιλάμβανε μεγάλα μεταφορικά αγγεία (πίθους, πιθαμφορείς και αμφορείς), σωζόμενα ακέραια ή αποσπασματικά. Επίσης αποτυπώθηκε το ανάγλυφο του βυθού και ανελκύστηκαν αγγεία που θα βοηθήσουν στην ακριβέστερη χρονολόγησή του. Το φορτίο του ναυαγίου συνδέεται με τη ζωή της μυκηναϊκής εγκατάστασης που ερευνάται επάνω στο Μόδι, από την ΚΣΤ΄ ΕΠΚΑ. Είναι το δεύτερο ναυάγιο της ίδιας περιόδου που εντοπίζεται στον Αργοσαρωνικό. Το πρώτο είναι το ναυάγιο του Ακρωτηρίου των Ιρίων (1200 π.Χ.), το φορτίο του οποίου εκτίθεται από το 1998 στο Μουσείο Σπετσών.

Στον Παγασητικό κόλπο συνεχίστηκε η έρευνα στις δυτικές ακτές, η οποία έχει εντοπίσει 11 ναυάγια βυζαντινής εποχής, έρευνα που άρχισε το 2000. Φέτος συνεχίστηκε η ανασκαφή στο ναυάγιο 7 (τέλη 4ου μ.Χ. αιώνα). Στη νησίδα Κίκυνθο, στην είσοδο του όρμου της Αμαλιάπολης, ανακαλύφθηκε βυζαντινό ναυάγιο, με 5 τουλάχιστον τύπους πίθων. Στο ακρωτήριο Γλάρος εντοπίστηκαν 4 νέα ναυάγια, 2 των ελληνιστικών και 2 των βυζαντινών χρόνων. Το ένα βυζαντινό ναυάγιο διατηρεί εντυπωσιακό αριθμό σιδερένιων αγκυρών.

Σε αναγνωριστική έρευνα στο Νότιο Ευβοϊκό και σε θέσεις που υπέδειξε ο εκπαιδευτής αυτοδυτών, Γ. Ευστρατίου, εντοπίστηκαν πέντε αρχαία ναυάγια ή φορτία πλοίων και μία θέση αγκυροβολίας (4ος αι. π.Χ - 11ος αι. μ.Χ.).