Τις ανώτερες προβλεπόμενες ποινές επέβαλε η Πειθαρχική Επιτροπή της ΕΠΟ σε ΑΕΚ και Ατρόμητο, για όσα έγιναν στον τελικό του κυπέλλου. Η «κιτρινόμαυρη» ΠΑΕ τιμωρήθηκε με αποκλεισμό της έδρας της για 3 αγωνιστικές και πρόστιμο 292.500 ευρώ. Επίσης απαγορεύτηκε η μετακίνηση των οπαδών της στο υπόλοιπο της σεζόν. Αν η έφεση που θα ασκήσει δε γίνει δεκτή, τότε θα αγωνιστεί χωρίς κόσμο στις αναμετρήσεις των πλέι οφ (με ΠΑΟΚ, Παναθηναϊκό) και στην πρώτη εντός έδρας του νέου πρωταθλήματος.

Στην «κυανόλευκη» ΠΑΕ επιβλήθηκε αποκλεισμός έδρας για 2 αγωνιστικές και πρόστιμο 60.000 ευρώ. Ο Γ. Δώνης (δυσμενείς κρίσεις) κλήθηκε να ανακαλέσει εντός 15ημέρου, αλλιώς θα πληρώσει πρόστιμο. Σε ανακοίνωσή της, η ΠΑΕ Ατρόμητος αναφέρεται σε «θέατρο του παραλόγου», επικαλείται την παροιμία «εκεί που μας χρωστάγανε μας πήραν και το βόδι» και προσθέτει: «Προφανώς τώρα θυμήθηκαν ότι η καταστολή της βίας πρέπει να ξεκινήσει από τον Ατρόμητο όταν σε όλη τη διάρκεια της αγωνιστικής περιόδου 2010-11 είδαμε "πράγματα και θαύματα" που πέρασαν ατιμώρητα. Η απόφαση αυτή καταλύει το περί δικαίου αίσθημα, είναι άδικη και υπερβολικά αυστηρή».

Ο ποδοσφαιρικός εισαγγελέας, Ανδ. Φάκος, άσκησε πειθαρχικές διώξεις κατά της ΠΑΕ Ηρακλής, του προέδρου της, Γ. Τάκη, του ΓΣ Ηρακλής, και του προέδρου του, Κ. Γωγάκου. Εγκαλούνται για δημόσιες δυσμενείς κρίσεις που δυσφήμισαν τα θεσμοθετημένα δικαιοδοτικά όργανα, την ΕΠΟ και το ποδόσφαιρο, πρόκληση αισθήματος απαξίωσης και ενδεχόμενη διατάραξη της ομαλής διεξαγωγής διαφόρων αθλητικών συναντήσεων, καθώς και πυροδότηση της έντασης μεταξύ των φιλάθλων.

Από την πλευρά της, η ΠΑΕ Ηρακλής αντέδρασε στην (αξιοσημείωτη) καθυστέρηση έκδοσης του σκεπτικού απόρριψης του φακέλου αδειοδότησής της (που επέφερε τον υποβιβασμό). Απέστειλε λοιπόν εξώδικο στη Δευτεροβάθμια Επιτροπή Αδειοδότησης της ΕΠΟ, απαιτώντας να φτάσουν το συντομότερο δυνατό στα γραφεία της το σκεπτικό και τα πρακτικά της διαδικασίας. Ωστε να μπορέσουν οι «κυανόλευκοι» να προχωρήσουν στις νομικές κινήσεις που σχεδιάζουν.