Μικροπροβλήματα παρουσιάστηκαν και χτες, κατά τη διάρκεια της ψηφοφορίας, που όμως δεν επηρέασαν τη διαδικασία. Το πιο σοβαρό ήταν η έλλειψη σε αρκετά τμήματα της Αττικής εκλογικών φακέλων. Μάλιστα, χρειάστηκε η παρέμβαση της Περιφέρειας Αττικής, αρκετή ώρα μετά την έναρξη της ψηφοφορίας, για να προμηθεύσει τα τμήματα όπου παρατηρήθηκε το πρόβλημα ώστε να διεξαχθεί κανονικά η ψηφοφορία. Χαρακτηριστικό παράδειγμα ήταν, π.χ. τμήμα 550 εγγεγραμμένων, το οποίο στις 7 το πρωί είχε μόλις 140 φακέλους.

Από την άλλη, σε διάφορα τμήματα της επικράτειας παρατηρήθηκε μη προσέλευση τόσο ψηφοφόρων, όσο και μελών εφορευτικής επιτροπής. Συγκεκριμένα, σε εκλογικό τμήμα της Μυτιλήνης (και ενώ θεωρητικά έχουν ανανεωθεί στις 30 Απρίλη οι εκλογικοί κατάλογοι), περίπου το 95% των εγγεγραμμένων είναι γεννημένοι πριν από 100 και πλέον χρόνια. Μάλιστα, σε αυτό το τμήμα, στις περασμένες εκλογές είχαν ψηφίσει 14 από τους σχεδόν 700 πολίτες που είναι στον κατάλογο...

Προβλήματα όμως παρουσιάστηκαν και στη μετακίνηση των ψηφοφόρων, με πολλούς να καταγγέλλουν πως παρά την ανακοίνωση των υπουργείων Μεταφορών και Εσωτερικών για δωρεάν διέλευση από τα διόδια των «Εθνικών» Οδών, τα διόδια της Ελευσίνας λειτουργούσαν κανονικά. Παράλληλα, άλλες καταγγελίες ανέφεραν πως τα ΚΤΕΛ Θήβας δεν δέχθηκαν να κάνουν την έκπτωση του 25%, με το επιχείρημα ότι ίσχυε μόνο για μετακίνηση μετ' επιστροφής και εφόσον αυτή γινόταν αυθημερόν την Κυριακή, παρά την κυβερνητική διαβεβαίωση πως η έκπτωση ισχύει για όλο το Σαββατοκύριακο.

Την Παρασκευή 3/7, η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας απέρριψε την προσφυγή δύο πολιτών οι οποίοι ζητούσαν την ακύρωση του δημοψηφίσματος, θέτοντας ζητήματα για τη συνταγματικότητα και τη νομιμότητά του.

Σύμφωνα με την απόφασή του, το ΣτΕ κρίνει ότι όσον αφορά την προκήρυξη του δημοψηφίσματος, η πράξη του υπουργικού συμβουλίου και το Προεδρικό Διάταγμα «συνιστούν κυβερνητικές πράξεις αναγόμενες στη διαχείριση της πολιτικής εξουσίας» σύμφωνα με το Προεδρικό Διάταγμα 18/1989, κατά συνέπεια «οι πράξεις αυτές δεν υπόκεινται στον ακυρωτικό έλεγχο του ΣτΕ και συνεπώς η αίτηση των δύο πολιτών πρέπει να απορριφθεί ως απαράδεκτη». Σε κάθε περίπτωση, σημειώνεται στην απόφαση ότι «ο έλεγχος του κύρους και των αποτελεσμάτων του δημοψηφίσματος υπάγεται σύμφωνα με το άρθρο 100 του Συντάγματος στην αρμοδιότητα του ανωτάτου ειδικού δικαστηρίου (εκλογοδικείου)».