Το 13ο Συνέδριο του ΚΚΕ συνήλθε στην Αθήνα, από τις 19 ως τις 24 Φλεβάρη 1991, σε συνθήκες έντονης διαπάλης στο εσωτερικό του Κόμματος, η οποία δεν εκφράζεται μόνο μέσω της προσυνεδριακής διαδικασίας από τη μερίδα των στελεχών που αρνούνται καθαρά πια το χαρακτήρα του ΚΚΕ ως επαναστατικού κόμματος, πολιτικής πρωτοπορίας της εργατικής τάξης, αρνούνται την ταξική πάλη και την προοπτική του σοσιαλισμού. Ούτε επίσης το μοναδικό χαρακτηριστικό αυτής της διαπάλης είναι η οξύτατη φραξιονιστική πάλη μέσα στο Κόμμα, η οποία και έχει πάρει διαστάσεις, έχει καταστρατηγήσει όλες τις αρχές συγκρότησης και λειτουργίας του ΚΚΕ. Αλλο ένα χαρακτηριστικό αυτής της διαπάλης είναι η συνειδητή δημόσια, μέσω των αστικών ΜΜΕ προβολή των σοσιαλδημοκρατικών ιδεολογικοπολιτικών θέσεων αυτών των στελεχών. Γεγονός που ουσιαστικά άνοιξε τις πόρτες στην αστική τάξη να παρεμβαίνει ανοιχτά στο εσωτερικό του Κόμματος. Αυτά τα στελέχη έδωσαν όπλα στον ταξικό αντίπαλο για να πολεμά το ΚΚΕ.
Ετσι και οι εργασίες του 13ου Συνεδρίου του ΚΚΕ, διεξάγονται σε ανάλογο κλίμα, σ' αυτές τις συνθήκες, και βεβαίως η συζήτηση διεξάγεται γύρω από το μοναδικά εφικτό ζήτημα, που είναι η διατήρηση και υπεράσπιση του κομμουνιστικού χαρακτήρα του Κόμματος.
Το 13ο Συνέδριο ανέδειξε σε πλειοψηφία της ΚΕ στελέχη που τάσσονταν υπέρ της διατήρησης του κομμουνιστικού χαρακτήρα του Κόμματος, αλλά δεν έβαλε τέρμα στην εσωκομματική πάλη.
Με κάθε τρόπο η ομάδα αυτή των στελεχών και με κάθε ευκαιρία δρα εναντίον του Κόμματος, που δέχεται επιθέσεις και από στελέχη άλλων δυνάμεων που συμμετείχαν στο ΣΥΝ. Οι εξελίξεις έχουν πια δρομολογηθεί και για την τυπική διάσπαση του κόμματος, αλλά και για τη διάλυση του Συνασπισμού, ο οποίος προετοιμάζει την Πανελλαδική του Συνέλευση.
Στις 11 Μάη του 1991 συνέρχεται η ΚΕ του Κόμματος, στην οποία το ΠΓ καταθέτει τις εξής προτάσεις, προκειμένου να αντιμετωπιστεί η φραξιονιστική δραστηριότητα που ξεκινά από το ΠΓ και φτάνει έως τις ΚΟΒ, έχοντας διαμορφώσει ένα δεύτερο κέντρο καθοδήγησης: Να σταλεί γράμμα στα μέλη του Κόμματος κατατοπιστικό για την κατάσταση που επικρατεί στην ΚΕ. Να ισχύει και για τα μέλη του Κόμματος που εργάζονται στα ΜΜΕ ό,τι ισχύει για όλα τα μέλη, ότι δεν μπορούν να εκφέρουν προσωπικές απόψεις αντίθετες με τις αποφάσεις του ΚΚΕ πέραν του κομματικού Τύπου. Να απευθυνθεί προειδοποίηση σε μέλη της ΚΕ να σταματήσουν δραστηριότητες που έρχονται σε αντίθεση με το Καταστατικό, διαφορετικά θα επιβληθούν καταστατικά μέτρα. Να διασφαλιστεί ο συλλογικός χειρισμός κρίσιμων ζητημάτων που τίθενται για συζήτηση στην ΕΕ του Συνασπισμού.
Με τα προτεινόμενα μέτρα διαφωνούν οι Λαφαζάνης, Δραγασάκης, Χουντής και Τριγάζης, ενώ απουσίαζε η Μ. Δαμανάκη. Σ' αυτή την ΚΕ υποβάλλει την παραίτησή του ο Γρ. Φαράκος, δηλώνοντας πως θα συνεχίσει τη δράση του μέσα από το Συνασπισμό. Τελικά η ΚΕ ενημερώνει τα μέλη του Κόμματος για την κατάσταση, καλώντας τα να αρνηθούν οτιδήποτε έρχεται σε αντίθεση με τις αποφάσεις του Συνεδρίου, να αντιδράσουν στις προσπάθειες παράλυσης, αποδιοργάνωσης της κομματικής δουλιάς και μαζικής δράσης. Παράλληλα, καλεί τα μέλη της ΚΕ να αποσυρθούν από κάθε μορφής ομαδοποίηση, να αρνηθούν συμμετοχή σε δράση και λειτουργίες έξω από τα όργανα.
Η ΚΕ προειδοποιεί τους Καραγκουλέ και Ανδρουλάκη να σταματήσουν τις δραστηριότητες που έρχονται σε αντίθεση με το Καταστατικό του Κόμματος. Αποφασίζει ακόμη μέχρι την πανελλαδική συνέλευση του ΣΥΝ, σε κρίσιμα ζητήματα υποχρεωτικά να προηγείται συνεδρίαση των στελεχών που μετέχουν στην ΕΕ του ΣΥΝ ώστε να εξασφαλίζεται ο συλλογικός χειρισμός των ζητημάτων και η ενιαία στάση.
Στο μεταξύ εντείνονται οι επιθέσεις εναντίον του Κόμματος από στελέχη άλλων δυνάμεων του ΣΥΝ και οι παρεμβάσεις στην εσωτερική του ζωή. Η «Αυγή» δε διστάζει να γράψει πως στόχος της ανασυγκρότησης του ΣΥΝ είναι η διαμόρφωση μιας νέας εκσυγχρονιστικής πλειοψηφίας και η εκτόπιση των «δογματικών αντιλήψεων πτέρυγας του ΚΚΕ». Ο ΣΥΝ εξελίσσεται όλο και πιο πολύ σε πόλο αντίθεσης προς το ΚΚΕ.
Τις δύο πρώτες μέρες του Ιούνη του '91 η ΚΕ συνεδριάζει και δίνει στη δημοσιότητα τις θέσεις της για την ανασυγκρότηση του ΣΥΝ, επιμένοντας μέχρι τέλους στην υπεράσπισή του με το χαρακτήρα που αυτός είχε εξαρχής συγκροτηθεί. Ενόψει της πανελλαδικής συνέλευσης το ΚΚΕ προτείνει η διαμόρφωση των κεντρικών οργάνων του ΣΥΝ να γίνεται σε συνεννόηση με όλες τις δυνάμεις που τον απαρτίζουν, κάθε δύναμη να ορίζει με ευθύνη της την αντιπροσωπεία της, διατηρώντας το δικαίωμα να ανακαλεί το σύνολο ή μέρος της.
Προειδοποιεί ότι «η πολύμορφη άμεση ή έμμεση αμφισβήτηση του πολυκομματικού χαρακτήρα του ΣΥΝ έχει δημιουργήσει σοβαρές αρνητικές συνέπειες στην προσπάθεια ανασυγκρότησής του και την πορεία προς την πανελλαδική συνέλευση. Το γεγονός αυτό, όπως οι συχνές παρεμβάσεις στα εσωτερικά του ΚΚΕ, η απαίτηση να εγκαταλείψει θέσεις του, οι συκοφαντίες σε βάρος του και μια γενικότερη προσπάθεια αντιπαράθεσης του ΣΥΝ στο ΚΚΕ, συνιστούν αντιλήψεις και πρακτικές που ναρκοθετούν την πορεία και την ίδια την ύπαρξη του ΣΥΝ».
Περί τα μέσα Ιούνη του 1991 το θέμα του τρόπου εκλογής των οργάνων του Συνασπισμού πυροδοτεί νέα ένταση. Το ΚΚΕ βλέποντας πού οδεύει η κατάσταση, προτείνει να παγώσει κάθε διαδικασία προς την πανελλαδική συνέλευση και να πραγματοποιηθούν επαφές και συζητήσεις μεταξύ όλων των δυνάμεων του ΣΥΝ για όλα τα προβλήματα. Η πρόταση αγνοείται και η Αλ. Παπαρήγα αποχωρεί από τη συνεδρίαση της ΕΕ του ΣΥΝ, ενώ σε δήλωσή της υπογραμμίζει τον ανοιχτό πια κίνδυνο μετεξέλιξης του ΣΥΝ σε ενιαίο πολυτασικό φορέα.
Η ΚΕ του ΚΚΕ στις 16 Ιούνη αποφασίζει να ανακαλέσει την αντιπροσωπεία του Κόμματος από τον ΣΥΝ, πλην της Μ. Δαμανάκη λόγω των ειδικών ευθυνών που είχε (ήταν ήδη πρόεδρος του ΣΥΝ), παράλληλα καταθέτει δέσμη προτάσεων για τη διέξοδο από την κρίση. Η απόφασή του αυτή συναντά την αντίδραση στελεχών που αρνούνται να συμμορφωθούν. Στις 22 Ιούνη η Μαρία Δαμανάκη καταθέτει την παραίτησή της από το ΠΓ και την ΚΕ του Κόμματος.
Στις 23 Ιούνη η ΚΕ του ΚΚΕ αποφασίζει τη σύγκληση έκτακτου Συνεδρίου με στόχο την αποκατάσταση της ενότητας δράσης του Κόμματος. Για τον ΣΥΝ αποφασίζει να καταβάλει μια τελευταία προσπάθεια για την αντιμετώπιση της κρίσης μέσω της ολιγόχρονης αναστολής της πανελλαδικής συνέλευσης, ώστε να δοθεί χρόνος στις συνιστώσες του να συζητήσουν και να καταλήξουν για ζητήματα που συνδέονται με την επαναβεβαίωση των ιδρυτικών αρχών συγκρότησής του, τις σχέσεις των κομμάτων με τον ΣΥΝ και αντίστροφα, το ρόλο και τις αρμοδιότητες της πανελλαδικής συνέλευσης, την αναζήτηση συμφωνίας για τον τρόπο ανάδειξης των κεντρικών οργάνων.
Σε εκείνη τη συνεδρίασή της η ΚΕ καθαίρεσε τον Π. Λαφαζάνη από το ΠΓ και τους Μ. Ανδρουλάκη, Δ. Καραγκουλέ, Θ. Καρτερό, Τ. Δραβαλιάρη και Δ. Παπάζογλου από την ΚΕ, ενώ παραιτούνται οι Π. Τριγάζης από το ΠΓ και Δ. Δημητρακάς, Σ. Παναρέτου και Αγ. Καραΐνδρος από την ΚΕ.
Την επομένη 24 Ιούνη, σε μια ογκώδη μαχητική συγκέντρωση του ΚΚΕ στο Πεδίον του Αρεως, η Αλ. Παπαρήγα διαμηνύει, «δε διαπραγματευόμαστε την αυτοτελή ύπαρξη του ΚΚΕ» και πως αυτό δε θα ευθύνεται για την κατάληξη της κρίσης στον ΣΥΝ. Καλεί τα μέλη του Κόμματος να προετοιμαστούν για μια μεγαλύτερη, από ό,τι νόμιζαν, περίοδο ανασυγκρότησης του Κόμματος.
Δρομολογείται η Πανελλαδική Συνέλευση η οποία αρχίζει στις 27 Ιούνη. Η Αλ. Παπαρήγα μιλώντας σε συγκέντρωση στη Λάρισα θα ξεκαθαρίσει: «Αν η Πανελλαδική Συνέλευση του ΣΥΝ προχωρήσει χωρίς ΚΚΕ τότε η υπογραφή στη διάλυση του συμβολαίου ίδρυσής του θα έχει μπει. Και δεν είμαστε εμείς που τη βάζουμε. Δε φέρουμε καμιά ευθύνη γι' αυτό. Λύσεις υπήρχαν και ακόμα υπάρχουν. Τις έχουμε προτείνει και είμαστε έτοιμοι παρά τα όσα έγιναν να προχωρήσουμε σε ανάλογα βήματα».
Οπερ και εγένετο. Την επομένη στην Πανελλαδική Συνέλευση αποφασίζεται η αλλαγή του χαρακτήρα του Συνασπισμού και η μετατροπή του σε κόμμα. Στις 29 Ιούνη το ΠΓ του Κόμματος σε ανακοίνωσή του υπογραμμίζει: «Η Πανελλαδική Συνέλευση είναι πλέον καθαρό ότι αποτελεί ιδρυτική συνέλευση ενός νέου πολιτικού σχήματος που δεν έχει καμιά τυπική και ουσιαστική σχέση με τον Συνασπισμό της Αριστεράς και της Προόδου και ως εκ τούτου το ΚΚΕ δε μετέχει πλέον στο νέο φορέα». Τονίζει επιπλέον πως είναι αδιανόητη η συμμετοχή οποιουδήποτε στελέχους σε δυο πολιτικούς φορείς, και στο ΚΚΕ και στον ΣΥΝ.
Το ΠΓ εκτιμά επιπλέον τον αντιΚΚΕ προσανατολισμό του νέου φορέα, άλλωστε αρκετά στελέχη του παραμένουν στο ΚΚΕ και μάλιστα σε καθοδηγητικά του όργανα. Στις 13 Ιούλη συνέρχεται η ΚΕ του Κόμματος και αποφασίζει το 14ο Συνέδριο να γίνει στα τέλη Νοέμβρη, ενώ αναθέτει σε επιτροπές την προετοιμασία των θέσεων και τα οργανωτικά ζητήματα.
Για τα μέλη της ΚΕ και όσους συνεχίζουν να δραστηριοποιούνται σχεδόν αποκλειστικά στα όργανα του ΣΥΝ η ΚΕ αποφάσισε να μη συμμετέχουν στις συνεδριάσεις των κομματικών οργάνων που είχαν εκλεγεί και να μην αναλαμβάνουν υπεύθυνη δουλιά στο Κόμμα, ενώ παρέπεμψε το θέμα στην Επιτροπή Κομματικού Ελέγχου. Σε διαθεσιμότητα τίθενται συνολικά 39 μέλη της ΚΕ και 5 βουλευτές του Κόμματος.
Το Κόμμα μέσα σε δύσκολες συνθήκες κατασυκοφάντησής του από τα πρώην στελέχη του, που έγιναν η αιχμή του δόρατος του αντικομμουνισμού της αστικής προπαγάνδας, αλλά και σε αρνητικό διεθνές κλίμα, λόγω των ανατροπών, σε συνθήκες υποχώρησης του κομμουνιστικού κινήματος, καταπιάνεται με την ανασυγκρότησή του. Δίνει αυτή τη μάχη ταυτόχρονα με πλατιά εξόρμηση στο λαό, με προσπάθεια για ανάπτυξη δράσης στο μαζικό κίνημα και προετοιμάζει ταυτόχρονα το 14ο Συνέδριό του.
Το 14ο Συνέδριο, που συνήλθε στις 18 - 21 Δεκέμβρη του 1991, έβαλε το καθήκον της ανασυγκρότησης και ανάπτυξης του Κόμματος, εξέτασε τις αιτίες της δημιουργίας της δεξιάς σοσιαλδημοκρατικής παρέκκλισης των στελεχών που αποχώρησαν από το Κόμμα και εντάχθηκαν στον ΣΥΝ και επεξεργάστηκε πολιτική ανάπτυξης και στόχους πάλης προς όφελος των λαϊκών μαζών, ενώ έκανε και τις πρώτες τοποθετήσεις για τις εξελίξεις στις πρώην σοσιαλιστικές χώρες.
Σχετικά με την πολιτική συμμαχιών, το 14ο Συνέδριο εκτίμησε ότι «η όλη πορεία και τελική κατάληξη του Συνασπισμού της Αριστεράς και της Προόδου δίνει πολύτιμα διδάγματα στο Κόμμα για την πολιτική συμμαχιών, που πρέπει να βρίσκονται στο κέντρο της προσοχής του.
α) Η διασφάλιση της αυτοτέλειας του Κόμματος πρέπει να είναι πρωταρχική προϋπόθεση και συνεχής επιδίωξη.
β) Η υποτίμηση των ιδεολογικών και πολιτικών διαφορών που υπάρχουν και συνοδεύουν κάθε μορφής συμμαχία και η ανυπαρξία μετώπου εναντίον της, αποτελεί σοβαρό σφάλμα και οδηγεί σε αρνητικές απρόσμενες εξελίξεις.
γ) Οι εκπρόσωποι του Κόμματος στις συμμαχίες πρέπει να επιλέγονται προσεκτικά από συντρόφους που διαθέτουν ικανότητες, αλλά επίσης και σταθερότητα και κομματικότητα. Ο έλεγχός τους από καθοδηγητικά όργανα και κομματικά σώματα πρέπει να είναι συστηματικός και ουσιαστικός.
δ) Να συνυπολογίζεται πάντα με προσοχή η διαλεκτική σχέση που πρέπει να υπάρχει μεταξύ πολιτικών και κοινωνικών συμμαχιών.
Η πολιτική συμμαχιών, πολιτική στρατηγικής σημασίας, πρέπει να είναι διαρκής φροντίδα του ΚΚΕ. Οι δυσκολίες, τα λάθη και οι αποτυχίες δεν πρέπει να οδηγούν στην άρνησή της αλλά στα απαραίτητα μέτρα για την περισσότερο δημιουργική και αποτελεσματική εφαρμογή της. Σε κάθε περίπτωση, πάντως, η πολιτική συμμαχιών πρέπει να συνδυάζεται επίμονα και συστηματικά με την ολόπλευρη, ποσοτικά και ποιοτικά, ενίσχυση του ΚΚΕ».