Το Μουσείο είναι αυτοτελές τμήμα του Φεστιβάλ Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης και λειτουργεί υπό την εποπτεία του ΥΠΠΟ. Σκοπός του Μουσείου Κινηματογράφου, σύμφωνα με τον ιδρυτικό νόμο, είναι η συγκέντρωση, διάσωση και μουσειολογική προβολή των στοιχείων της κινηματογραφικής ζωής της Ελλάδας. Οργανώνει ερευνητικά και εκπαιδευτικά προγράμματα σε συνεργασία με άλλους συναφείς φορείς και μεριμνά για τη μελέτη και τεκμηρίωση κάθε είδους υλικού σχετικού με την κινηματογραφική τέχνη.
Το διατηρητέο κτίριο της Αποθήκης Α' του λιμανιού που βρίσκεται στην προβλήτα Α`, εμβαδού 1.100 m2 περίπου κτίστηκε το 1910 μαζί με το παλιό Τελωνείο του λιμανιού με σχέδια του αρχιτέκτονα Ελί Μοδιάνο και είναι χαρακτηριστικό της αρχιτεκτονικής μορφολογίας που επικράτησε στην Ευρώπη στα βιομηχανικά κτίρια του τέλους του 19ου και αρχές του 20ού αιώνα. Το κτίριο, όπως και τα άλλα στην προβλήτα Α' της ίδιας εποχής, κρίθηκε ως διατηρητέο και προστατευόμενο από την Πολιτεία. Η μετασκευή του κτιρίου έγινε κατά τη διάρκεια της «Πολιτιστικής Πρωτεύουσας, Θεσσαλονίκη 1997».
Στις συλλογές του Μουσείου Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης περιλαμβάνονται: Κινηματογραφικές μηχανές λήψης, κινηματογραφικές μηχανές προβολής, παλιές συσκευές και εξαρτήματα μηχανών κινηματογράφου, εμφανιστήρια κινηματογραφικών ταινιών, ταινίες ελληνικών και ξένων επικαίρων, κινηματογραφικές ταινίες, ντοκιμαντέρ, κινηματογραφικά τρέιλερς, διαφάνειες, φωτογραφίες, αφίσες, διαφημιστικό υλικό κινηματογραφικών ταινιών, βιβλία κινηματογράφου, περιοδικά και εφημερίδες κινηματογράφου, έντυπο διαφημιστικό υλικό, στατιστικά στοιχεία διακίνησης κινηματογραφικών ταινιών, γιγαντοαφίσες (χειροποίητες) κινηματογράφου και μουσική βιβλιοθήκη soundtracks (CDs και LP).
Επίσης, το Μουσείο Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης οργανώνει ερευνητικά και εκπαιδευτικά προγράμματα σε συνεργασία με τους αρμόδιους εκπαιδευτικούς φορείς. Το πρόγραμμα περιλαμβάνει μια ειδική ξενάγηση στους χώρους του καινούριου Μουσείου, μια παρουσίαση της Ιστορίας του Κινηματογράφου, καθώς επίσης και των συλλογών και αποκτημάτων του Μουσείου, αλλά και προβολή μιας σύντομης ταινίας από την Ταινιοθήκη του Μουσείου.