Το Ε' Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας με αφορμή υπόθεση ανέγερσης εμπορικής αποθήκης στο Δέλτα του Αξιού, έκρινε ότι οι Φορείς Διαχείρισης έχουν γνωμοδοτική αρμοδιότητα για έργα που εκτελούνται μέσα σε προστατευόμενες περιοχές Natura 2000, ακόμη και αν το καθεστώς της περιοχής δεν εξειδικεύεται από κάποιο Προεδρικό Διάταγμα.

Τον Αύγουστο του 2009, ιδιωτική εταιρεία ξεκίνησε οικοδομικές εργασίες, βάσει οικοδομικής άδειας του 2007, προκειμένου να κατασκευάσει εμπορική αποθήκη 12.000 τ.μ. στην παλιά κοίτη Αξιού, εντός της Γ΄ Ζώνης Προστασίας, χωρίς την προηγούμενη γνωμοδότηση του αρμόδιου Φορέα Διαχείρισης της προστατευόμενης περιοχής (τότε Φ.Δ. Δέλτα Αξιού - Λουδία - Αλιάκμονα που το 2018 μετονομάστηκε σε Φ.Δ. Προστατευόμενων Περιοχών Θερμαϊκού Κόλπου). Είχε προηγηθεί, το Μάη του 2009, η έκδοση ΚΥΑ χαρακτηρισμού του Εθνικού Πάρκου Δέλτα Αξιού, βάσει της οποίας δεν επιτρεπόταν η κατασκευή εμπορικών αποθηκών στην περιοχή. Ωστόσο, η έγκριση περιβαλλοντικών όρων και η οικοδομική άδεια για το εν λόγω έργο είχαν δοθεί από τις αρμόδιες υπηρεσίες της Περιφέρειας (πρώην νομαρχίας Θεσσαλονίκης) το 2007.