Οι ισραηλινές στρατιωτικές επιχειρήσεις «μετρούν», σύμφωνα με την ισραηλινή ηγεσία, πολλές «επιτυχίες». Ανάμεσα σε αυτές και η σύλληψη του ηγέτη της «Φατάχ», που προκάλεσε την έκδηλη ικανοποίηση του Αριέλ Σαρόν. Ο Μπαργκούτι ήταν ένας από τους κύριους στόχους του ισραηλινού στρατού για «δολοφονίες εκατοντάδων Ισραηλινών». Για την ισραηλινή ηγεσία, είναι ένας από τους επικεφαλής των «τρομοκρατών».

Ο Μαρουάν Μπαργκούτι αναδείχτηκε μέσα από τη δράση του στο Πανεπιστήμιο Μπιρ Ζάιτ στην πρώτη Ιντιφάντα. Φυλακίστηκε για 6 χρόνια και εξορίστηκε στην Ιορδανία, από όπου επέστρεψε το 1994. Εξέφρασε επιφυλάξεις για τη συμφωνία του Οσλο εκτιμώντας ότι «δεν εμπεριέχει τα εχέγγυα για οριστική λύση». Εντούτοις, τάχτηκε υπέρ της πολιτικής λύσης. Πάλεψε γι' αυτήν, αλλά και για την καταστολή φαινομένων διαφθοράς εντός της Π. Αρχής. Εγινε ένας από τους δημοφιλέστερους ηγέτες. Αναγνωρίζοντας το αδιέξοδο, τάχτηκε στο πλευρό της δεύτερης Ιντιφάντα.

Ο Μπαργκούτι επιμένει ότι είναι πολιτικός κρατούμενος, αφού είναι πολιτικός ηγέτης και όχι στρατιωτικός. Ισως, γι' αυτό ακριβώς και να συνελήφθη. Για πολλούς (σε Ισραήλ και ΗΠΑ) ο 42χρονος Μαρουάν αποτελούσε «ανεπιθύμητο» στοιχείο στην προσπάθεια «ανάδειξης μιας νέας αρεστής παλαιστινιακής ηγεσίας». Και αφού φερόταν, ούτως ή άλλως, ως πιθανός διάδοχος του Αραφάτ, και με δεδομένη την απήχησή του, η απομάκρυνσή του από το «πεδίο» μάλλον κρίθηκε περισσότερο από επιτακτική.