Ενα μοναδικό έργο μνημειακής πλαστικής η «Κυρά της Καλύμνου», που ανασύρθηκε από τη θαλάσσια περιοχή της Καλύμνου το 1995 και το οποίο συντηρήθηκε στα εργαστήρια της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων και εν συνεχεία μεταφέρθηκε για περαιτέρω συντήρηση και αποκατάσταση στο Εθνικό Αρχαιολογικό, αποτελεί πλέον το μήλον της έριδος ανάμεσα στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο και την ΚΒ΄ Εφορεία Αρχαιοτήτων.

Η Εφορεία υποστηρίζει ότι το χάλκινο άγαλμα πρέπει να εκτεθεί στο νέο αρχαιολογικό μουσείο της Καλύμνου, ενώ το Εθνικό Αρχαιολογικό ότι πρέπει να παραμείνει στο μουσείο, καθώς δεν είναι καλύμνιο, αλλά προέρχεται από βυθισμένο πλοίο με το οποίο μεταφερόταν πιθανότατα από τη Μ. Ασία.

Για το θέμα επρόκειτο να αποφασίσει το ΚΑΣ, αλλά ύστερα από εισήγηση του γενικού γραμματέα του ΥΠΠΟ Χρήστου Ζαχόπουλου, η λήψη της απόφασης αναβλήθηκε «προκειμένου το ζήτημα να εξεταστεί στο πλαίσιο μιας γενικότερης μουσειακής πολιτικής».