Η ναυπηγική ιστορία της χώρας έχει όμως και τις λαμπρές της σελίδες, που φτάνουν μέχρι και τη νεολιθική εποχή. Η τέχνη της ναυπηγικής εμφανίζεται σχεδόν ταυτόχρονα με την ανάγκη των φύλων που κατοίκησαν στον ελλαδικό χώρο να κατακτήσουν το υγρό στοιχείο, αφού όπως έχει ειπωθεί η "Ελλάδα δεν είναι μια στεριά που περιβάλλεται από θάλασσα, αλλά μια θάλασσα που κλείνει μέσα της στεριά". Τον κυρίαρχο ρόλο που έπαιζαν τα πλοία στη ζωή των αρχαίων Ελλήνων αποδεικνύουν και οι διάφοροι μύθοι που προσδίδουν στα πλοία ιδιότητες μυθικές. Ετσι η "ΑΡΓΩ", το πρώτο επώνυμο ελληνικό καράβι, η "Πασιμέλουσα" (το καμάρι όλων) κατά τον Ομηρο, ναυπηγήθηκε με τις οδηγίες της Αθηνάς, προστάτιδας των ξυλοναυπηγών της εποχής. Ο Πλάτωνας αναφέρει στον Φαίδωνα ότι οι Αθηναίοι φύλαξαν ως ιερό το πλοίο με το οποίο ταξίδεψε ο Θησέας στην Κρήτη. Μετά την κατάρρευση της θαλασσοκρατίας της Αθήνας, η σκυτάλη πέρασε στα ελληνικά νησιά. Στη Ρόδο αναπτύχθηκε και η πρώτη ναυτική νομοθεσία, ο περίφημος "Ροδιακός νόμος", που αποτέλεσε τη βάση για τις μεταγενέστερες ναυτικές νομοθεσίες των κρατών - πόλεων της Ανατολικής Μεσογείου και αργότερα του Βυζαντίου.

Το πρώτο ταξίδι στην αρχαιότητα με πλοίο, για το οποίο υπάρχουν αποδεικτικά ευρήματα, χρονολογείται το 7.500 π. Χ. Πρόκειται για ταξίδι που πραγματοποίησε πλοίο της εποχής για να μεταφέρει οψιδιανό λίθο, που χρησιμοποιούνταν για την κατασκευή όπλων και εργαλείων, απ' τη Μήλο στην Ερμιόνη. Ο κυκλαδίτικος πολιτισμός πρόσφερε τα δικά του στοιχεία στην εξέλιξη της ναυπηγικής της εποχής και στη συνέχεια ο Μινωικός. Στις αρχές της δεύτερης χιλιετίας π. Χ. η ναυπηγική τέχνη των Μυκηναίων θα ξεπεράσει τους προκατόχους της, δημιουργώντας πλοία με αριθμό κουπιών που κυμαίνονται από 20 έως και 100. Την επανάσταση στα ναυτικά δεδομένα θα δημιουργήσουν την περίοδο της κλασικής Ελλάδας οι Δωριείς, οι οποίοι θα "προικίσουν" το πολεμικό πλοίο με ένα έμβολο, μετατρέποντάς το σε πραγματικό θαλάσσιο όπλο και δημιουργώντας ένα νέο είδος πολέμου, τις ναυμαχίες. Τον 7ο αι. π. Χ. κατά τον Θουκυδίδη, οι Κορίνθιοι θα προικοδοτήσουν τον ελληνισμό με το κατ' εξοχήν πολεμικό πλοίο της αρχαιότητας, την τριήρη.