Αρκετές παρατηρήσεις κάνει το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ) στο σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος που αφορά μέτρα προστασίας και διαχείρισης υδάτων και έγινε σε συμμόρφωση της Κοινοτικής Οδηγίας 2000/60/ΕΚ. Το Προεδρικό Διάταγμα, που προτάθηκε από έξι συναρμόδιους υπουργούς, κρίθηκε νόμιμο με το υπ' αριθμόν 338/06 πρακτικό, αλλά γίνονται και σημαντικές διορθώσεις.

Ειδικότερα, το Ε΄ Τμήμα του ΣτΕ ζητάει να προσδιοριστούν χρονικά διαστήματα για την επανεξέταση του μητρώου προστατευόμενων περιοχών. Επίσης, το Ανώτατο Διοικητικό Δικαστήριο θεωρεί μη νόμιμη ως ανεπίτρεπτη την υπεξουσιοδότηση προς το γενικό γραμματέα Περιφέρειας να λαμβάνει προληπτικά και κατασταλτικά μέτρα για την επίτευξη των στόχων του Προεδρικού Διατάγματος.

Τέλος, στην απόφαση του ΣτΕ επισημαίνεται ότι υπήρξε μεγάλη καθυστέρηση συμμόρφωσης στην Κοινοτική Οδηγία, αφού η προθεσμία της Οδηγίας εξέπνευσε στις αρχές του 2004. Επίσης, αναφέρεται ότι η συμμόρφωση που έγινε στην κοινοτική Οδηγία με το νόμο 3199/03 ήταν ελλιπής και επήλθε διάσπαση της ενότητας του κανονιστικού πλαισίου, καθώς υπάρχει ο νόμος 3199/03, αλλά και το Προεδρικό Διάταγμα, που δεν έχουν αυτοτέλεια, αλλά παραπέμπουν το ένα στο άλλο.