Συγκεκριμένα το 2005 από έλεγχο ορκωτών λογιστών στην εταιρεία, διαπιστώθηκε ότι εμφάνιζε στα έσοδά της και το ποσό των 7.074.720 ευρώ, το οποίο ήταν από κρατήσεις για το ΚΑΕΟ (Κεφάλαιο Ασφάλισης Επιβατών και Οχημάτων) που δεν τις είχε αποδώσει το ΝΑΤ, δηλαδή τις είχε παρακρατήσει παραβιάζοντας το νόμο. Σε παραπέρα έλεγχο διαπιστώθηκε ότι η εταιρεία είχε αποκρύψει και το ποσό των 16.000.000 ευρώ τα οποία επίσης έπρεπε να είχαν αποδοθεί στο ΚΑΕΟ! Τα ποσά αυτά σύμφωνα με έγγραφο της ΔΟΥ Μυτιλήνης ήταν μέχρι τη χρήση του 1998.

Οι οφειλές αυτές, βεβαιωμένες από την Εφορία, όχι μόνο δεν εισπράχτηκαν ποτέ από το ΝΑΤ, κατά παράβαση του νόμου, αλλά οι υπηρεσίες του ΝΑΤ και η πλειοψηφία της διοίκησης του Ταμείου συνεχίζουν μέχρι και σήμερα, αυθαίρετα, να παρέχουν κάθε είδους «διευκολύνσεις» στους εφοπλιστές που εναλλάσσονται στο προεδρείο της ΝΕΛ, όπως στον Απ. Βεντούρη πρόεδρο της Ενωσης Επιχειρήσεων Ναυτιλίας (πρώην Ακτοπλοΐας) και μέχρι το Δεκέμβρη πρόεδρο της ΝΕΛ, εκδίδοντας αυθαίρετα «πλασματικά» έγγραφα μη οφειλής και κάνοντας διακανονισμούς, για να συνεχίζουν «απρόσκοπτα» τις επιχειρηματικές τους δραστηριότητες.

Τελευταίος διακανονισμός που προωθείται υπέρ της ΝΕΛ και συζητήθηκε στην προχτεσινή συνεδρίαση του ΝΑΤ είναι για τα πλοία «ΑΙΟΛΟΣ ΚΕΝΤΕΡΗΣ Ι» και «ΜΥΤΙΛΗΝΗ». Ο διακανονισμός αφορά οφειλές για τα δύο πλοία ύψους 600.000 ευρώ. Οσον αφορά τις συνολικές οφειλές της εταιρείας ουδείς γνωρίζει πόσες είναι σήμερα. Την ίδια ώρα το ΝΑΤ έχει φτάσει σε φάση χρεοκοπίας. Με δυσκολία καταβάλει τις συντάξεις, συνταξιούχοι περιμένουν και δύο χρόνια για την καταβολή του εφάπαξ, υπονομεύονται συνολικά τα κοινωνικοασφαλιστικά δικαιώματα των ναυτεργατών.

Η περίπτωση της ΝΕΛ είναι χαρακτηριστική για τον τρόπο που κλέβουν οι εφοπλιστές το ΝΑΤ αποθρασυμένοι από την αντιασφαλιστική, αντιλαϊκή πολιτική διαχρονικά των κυβερνήσεων ΠΑΣΟΚ και ΝΔ.

Η ασυδοσία της ΝΕΛ δε σταματάει εδώ. Χτες εντοπίστηκε από τα ταξικά ναυτεργατικά σωματεία ΠΕΜΕΝ και ΣΤΕΦΕΝΣΩΝ να χρησιμοποιεί παράνομα ναυτεργάτες που είναι μέλη του πληρώματος του δρομολογημένου πλοίου της «ΜΥΤΙΛΗΝΗ» για να εκτελούν εργασίες στο άλλο πλοίο της «ΘΕΟΦΙΛΟΣ», το οποίο βρίσκεται στην επισκευαστική βάση του Νέου Μώλου Δραπετσώνας!

Τα σωματεία απαιτούν από το υπουργείο ΟΙ.Α.Ν. και τις υπηρεσίες του «να προχωρήσουν στον άμεσο έλεγχο (ταυτοπροσωπεία) των οργανικών συνθέσεων των πλοίων και να εφαρμοστεί η νομοθεσία για τις οργανικές συνθέσεις».