Ο Παναθηναϊκός ήταν ο τυχερός της κλήρωσης του Κυπέλλου «Hellas On Line» καθώς στα προημιτελικά θα αντιμετωπίσει την Καλλιθέα. ΠΑΣ Γιάννενα - ΠΑΟΚ, Ξάνθη - Αρης, Καβάλα - Πανιώνιος τα άλλα ζευγάρια. Στην ημιτελική φάση πάμε για ντέρμπι Παναθηναϊκού - ΠΑΟΚ εφόσον οι δύο ομάδες αποκλείσουν την Καλλιθέα και τον ΠΑΣ Γιάννενα. Από την άλλη ο νικητής του Ξάνθη - Αρης θα παίξει με το νικητή του Καβάλα - Πανιώνιος.

Στην προημιτελική (6η) φάση θα διεξαχθούν τέσσερις απλοί αγώνες στο γήπεδο της ομάδας που κληρώθηκε πρώτη. Σε περίπτωση ισόπαλου αποτελέσματος θα διεξαχθεί επαναληπτικός αγώνας στην έδρα του φιλοξενούμενου. Σε περίπτωση ισόπαλου αποτελέσματος στην κανονική διάρκεια του επαναληπτικού αγώνα, ο νικητής αναδεικνύεται με τη διαδικασία ημίωρης παράτασης και εκτέλεσης πέναλτι. Το εκτός έδρας γκολ δε θα υπολογίζεται διπλό.