Εξι μήνες μετά την έναρξη της ποινικής έρευνας που ξεκίνησε τον Νοέμβρη του 2022, για τις καταγγελίες που έγιναν, ασκήθηκε ποινική δίωξη για σοβαρότατα αδικήματα σε βάρος του ιδρυτή αλλά και εργαζομένων στην «Κιβωτό του Κόσμου», την ιδιαίτερα προβεβλημένη ΜΚΟ, με βραβεύσεις από το κράτος και «τηλεμαραθώνιους». Ο ιερέας Αντώνης Παπανικολάου είναι κατηγορούμενος για κακουργηματικού βαθμού σεξουαλικά αδικήματα σε βάρος δύο ανηλίκων, έναν 19χρονο σήμερα, πρώην φιλοξενούμενο σε σπίτι της «Κιβωτού» σε πόλη της επαρχίας, και ένα αγόρι 15 χρονών, καθώς και για πλημμεληματικού βαθμού αδικήματα, ενώ κατηγορούμενοι είναι και επτά υπάλληλοι για αδικήματα σε βαθμό πλημμελήματος. Η δίωξη αφορά το κακούργημα της κατάχρησης ανηλίκων σε ασέλγεια κατά συρροή και κατ' εξακολούθηση, από τον Σεπτέμβριο του 2020 έως τον Ιανουάριο του 2022. Βαρύνεται επίσης και με το πλημμέλημα της ηθικής αυτουργίας σε όσες πράξεις καταλογίζονται στους εργαζόμενους - συγκατηγορούμενούς του. Οι 7 υπάλληλοι της προβεβλημένης ΜΚΟ είναι οι τρεις από χώρους στην Αθήνα, δύο από τον Βόλο και δύο από τη Χίο, που κατηγορούνται για κακοποιητικές συμπεριφορές σε βάρος παιδιών.

Στο πλαίσιο της έρευνας κατέθεσαν φιλοξενούμενοι σε δομές της «Κιβωτού» και κλήθηκαν σε εξηγήσεις ως ύποπτοι τόσο ο ιερέας όσο και οι υπάλληλοι. Ο επικεφαλής της «Κιβωτού», σε υπόμνημα που παρέδωσε στην Εισαγγελία Ανηλίκων, αρνήθηκε πλήρως όσα του καταλογίζουν, κάνοντας λόγο για «σκοπιμότητες».

Επίσης διενεργείται ποινική έρευνα για φοροδιαφυγή και νομιμοποίηση εσόδων από παράνομη δραστηριότητα που αφορά τα οικονομικά πεπραγμένα της ΜΚΟ.