Ξανασυλλαμβάνεται, καταδικάζεται και φυλακίζεται σε μπουντρούμι των φυλακών Κέρκυρας για τρία χρόνια και στη συνέχεια στην Ακροναυπλία, από όπου απελευθερώθηκε παραμονές του πολέμου. Πολέμησε στο Αλβανικό Μέτωπο, ενώ μετά την ίδρυση του ΕΑΜ εντάσσεται από τους πρώτους στον ΕΛΑΣ Ηπείρου. Λόγω των διωγμών της ΕΑΜικής αντίστασης πέρασε στην παρανομία, διέφυγε στην Αθήνα, αλλά το 1947 συνελήφθη, έμεινε τρία χρόνια σε φυλακές ως υπόδικος, κάθισε επτά φορές στο εδώλιο του κατηγορουμένου με πλαστές κατηγορίες, αλλά τελικά αθωώθηκε.
Ο μπαρμπα-Γιάννης, αταλάντευτος πιστός στο ΚΚΕ, συνδρομητής και φανατικά καθημερινός αναγνώστης του «Ρ», μέχρι και τις τελευταίες μέρες του, αν και είχε καταπέσει τελείως, ζητούσε να δει και να κρατήσει για λίγο στα χέρια του το «Ρίζο», όπως έλεγε.