Μη συμβατή προς την Κοινοτική Νομοθεσία έκρινε το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο τη διαγραφή χρεών σε περισσότερους από 200 συνεταιρισμούς, που έγινε τα έτη 1992, 1994 μέσω της ΑΤΕ. Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή είχε προσφύγει στο Δικαστήριο κατά του ελληνικού δημοσίου, θεωρώντας ότι η διαγραφή των χρεών σ' αυτούς τους συνεταιρισμούς (ή ενώσεις παραγωγών, επιχειρήσεις και μεμονωμένους γεωργούς), μέσω της ΑΤΕ ήταν αντίθετη προς την κοινοτική νομοθεσία. Το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο υιοθέτησε την εκτίμηση της Επιτροπής ότι οι ενισχύσεις αυτές δεν ήταν συμβατές με τους κοινοτικούς κανόνες περί ενισχύσεων για την επανόρθωση ζημιών που προκαλούνται από θεομηνίες ή άλλα έκτακτα γεγονότα. Επιπλέον, αποφάνθηκε ότι οι ενισχύσεις αυτές δεν ήταν συμβατές ούτε με τους κοινοτικούς κανόνες περί ενισχύσεων για την αναδιάρθρωση των επιχειρήσεων.