Χαρακτηριστικό παράδειγμα ο ανθρώπινος εγκέφαλος, η εξέλιξη του οποίου είναι από τα σημαντικότερα ζητήματα για τους ανθρωπολόγους. Οταν πέθαιναν οι πρόγονοί μας, οι εγκέφαλοί τους βέβαια σάπιζαν γρήγορα και εξαφανίζονταν. Τα απολιθωμένα κρανία μπορούν να μας δώσουν μόνο ενδείξεις για τους εγκεφάλους που περιείχαν. Μέχρι πρόσφατα, αν μια ομάδα ερευνητών εύρισκε μια άθικτη εγκεφαλική κοιλότητα, περιοριζόταν στο τι μπορούσε να μάθει από το απολίθωμα, εκτός, φυσικά, αν το άνοιγε στα δύο. Επειδή τα κρανία ανθρωπίδων είναι σπάνια, ελάχιστοι τόλμησαν να προχωρήσουν σε ένα τέτοιο ριζικό μέτρο.
Τώρα, οι παλαιοανθρωπολόγοι μπορούν να κάνουν αξονική τομογραφία του κρανίου και να δημιουργήσουν σε ηλεκτρονικό υπολογιστή ένα εικονικό κρανίο, έτσι που να μπορούν να το κομματιάσουν με όλη την άνεσή τους. Αν αφαιρέσουν αυτό το ψηφιακό κρανίο εξ ολοκλήρου, τότε απομένει το περίγραμμα ενός εικονικού εγκεφάλου. Το 2005, ο εικονικός εγκέφαλος του μοναδικού κρανίου του Χόμο φλορεσιένσις - του ανθρωπίδα ύψους μόλις ενός μέτρου που ανακαλύφθηκε στο νησί Φλόρες της Ινδονησίας - έδωσε στοιχεία που βοήθησαν στη συζήτηση για το αν πρόκειται για διαφορετικό είδος ή για πυγμαίο άνθρωπο με γενετικό ελάττωμα. Το μέγεθος και το σχήμα του εικονικού κρανίου ενίσχυσαν την άποψη ότι πρόκειται για διαφορετικό είδος. Επιπλέον, ο εγκέφαλός του δεν ήταν μια απλούστερη εκδοχή του ανθρώπινου εγκεφάλου. Μερικές περιοχές του ήταν μικρότερες από τις αντίστοιχες του δικού μας εγκεφάλου, αλλά άλλες ήταν ασυνήθιστα μεγάλες για ένα τόσο μικρό ανθρωπίδα, κάνοντας πιθανό το ενδεχόμενο ο άνθρωπος του Φλόρες να ήταν ικανός για αφηρημένη σκέψη και να μπορούσε να προσχεδιάσει τις ενέργειές του.
Τα περισσότερα απολιθώματα ανθρωπίδων ανασύρονται από τις ανασκαφές θρυμματισμένα. Η ανακατασκευή τους από τα κομμάτια ήταν μέχρι τώρα σαν την προσπάθεια συναρμολόγησης ενός τρισδιάστατου παζλ, στο οποίο τα περισσότερα κομμάτια λείπουν. Κατά τη διαδικασία αυτή, συνήθως προκύπτουν σοβαρά ερωτήματα: Ηταν ψηλός αυτός ο ανθρωπίδας ή κοντός; Τα απολιθώματα ανήκουν σε ένα άτομο ή σε πολλά; Οταν επιχειρούν ανακατασκευή ενός ήδη συναρμολογημένου κρανίου, συχνά οι παλαιοανθρωπολόγοι κάνουν ζημιά στα απολιθώματα, καθώς κόβουν εκεί που έβαλαν την κόλλα και το βερνίκι που συγκρατούσε τα κομμάτια ενωμένα. Κι όταν τα απολιθώματα είναι ιδιαίτερα θρυμματισμένα, οι επιστήμονες ούτε που τολμούν να τα συναρμολογήσουν.
Οι αξονικές τομογραφίες κάνουν πιο εύκολη τη λύση αυτών των παζλ. Οι ερευνητές μπορούν να κατασκευάσουν εικονικά κομμάτια οστών και χρησιμοποιώντας εξειδικευμένους μαθηματικούς αλγορίθμους να βρουν τον καλύτερο τρόπο για να τα συναρμολογήσουν. Σε ορισμένες περιπτώσεις μπορούν να κάνουν τις τομογραφίες επιτόπου, όταν ακόμα τα οστά δεν έχουν βγει μέσα από τα πετρώματα που τα περιέχουν. Ηδη, αυτή η μέθοδος έχει αλλάξει τον τρόπο που σκεφτόμαστε τους Νεάντερνταλ. Μια ελβετική ερευνητική ομάδα κατασκεύασε ψηφιακά κρανία νεαρών Νεάντερνταλ και σύγκρινε την ανάπτυξή τους με εκείνη των παιδιών του σύγχρονου ανθρώπου. Αποδείχτηκε ότι τα παιδιά των Νεάντερνταλ ήταν τόσο διαφορετικά από τα σημερινά παιδιά, όσο και οι ενήλικοι Νεάντερνταλ από τους σημερινούς ενηλίκους. Αυτό σημαίνει ότι οι Νεάντερνταλ ήταν διαφορετικό είδος και δεν ήταν οι πρόγονοι των σημερινών Ευρωπαίων.
Καθώς εξαπλώνεται η χρήση της αξονικής τομογραφίας, οι παλαιοανθρωπολόγοι αναπτύσσουν νέους τρόπους να αποκαλύπτουν στοιχεία για το παρελθόν του ανθρώπινου είδους. Ανακαλύπτουν σημάδια πληγών που γιατρεύτηκαν, ή ανθρωπίδες που είχαν χάσει τα δόντια τους και πρέπει να τους φρόντιζαν άλλοι. Μερικοί ερευνητές φτιάχνουν ακόμα και εικονικούς πλήρεις σκελετούς, στους οποίους προσαρμόζουν εικονική σάρκα και τελικά κάνουν τους προγόνους μας να ξαναπερπατούν ψηφιακά.
Το σημαντικότερο απ' όλα είναι ότι η αξονική τομογραφία μπορεί να απελευθερώσει από τα «σκονισμένα» ράφια των μουσείων την πληθώρα των απολιθωμάτων που βρέθηκαν σε παλιότερες εποχές. Οταν μια ερευνητική ομάδα κάνει τη σάρωση κάποιων απολιθωμάτων, μπορεί να τοποθετήσει τα δεδομένα σε ιστοσελίδες στο διαδίκτυο, έτσι ώστε να μπορέσουν να τα αναλύσουν και άλλοι ερευνητές, φέρνοντας πολύτιμα ευρήματα μπροστά σε νέα ζευγάρια μάτια και σε νέες ερωτήσεις.