Νέα στοιχεία έρχονται στο φως, για τη σύγκρουση των πλοίων "ΣΑΜΑΙΝΑ" και "ΚΩΣΤΑΚΟΣ", με την παράλληλη όμως διαρροή αντικρουόμενων σεναρίων τόσο από το υπουργείο Εθνικής Αμυνας, όσο και από το υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας. Μόνο βέβαιο στοιχείο, είναι το γεγονός ότι η γνωστοποίηση του προγράμματος της άσκησης "Παρμενίων '96" μέσω των αρμόδιων αρχών στα πλοία που πραγματοποιούν ακτοπλοϊκά δρομολόγια, θα είχε αποτέλεσμα τη μεγαλύτερη επαγρύπνηση, κι ίσως είχε οδηγήσει στην αποφυγή της τραγωδίας. Κωδικοποιημένα οι εκτιμήσεις και τα σενάρια που υπάρχουν είναι τα εξής, σύμφωνα και με διασταυρωμένες πληροφορίες του "Ρ" από αυτόπτες μάρτυρες του περιστατικού της σύγκρουσης:

• Το επιβατικό "ΣΑΜΑΙΝΑ" κινούνταν σε σύνηθες δρομολόγιο, με μικρή ταχύτητα 10 περίπου μιλίων, και επακριβώς στην περιοχή Κάμπος Βουρλιωτών, πραγματοποίησε μικρό ελιγμό παρεκκλίνοντας προκειμένου να έρθει λίγο πιο κοντά στην ακτή. Ελιγμός που χαρακτηρίζεται από το πλήρωμα του "ΣΑΜΑΙΝΑ" επίσης συνήθης. Λίγο μετά σε απόσταση 30 περίπου μέτρων, αντιλήφθηκε - σύμφωνα και με τη μαρτυρία του πλοιάρχου - τον "σκούρο όγκο" της πυραυλακάτου. Σταμάτησε τις μηχανές, επιδίωξε νέο ελιγμό, με αποτέλεσμα όμως να διεμβολίσει τελικά την πυραυλάκατο. Σύμφωνα με τις πληροφορίες του "Ρ", δεν υπήρξε η παραμικρή επαφή ανάμεσα στις "γέφυρες" των δύο πλοίων. Επίσης εκτίμηση του πληρώματος και του πλοιάρχου του "ΣΑΜΑΙΝΑ" είναι ότι το πολεμικό πλοίο είχε τη δυνατότητα να ελιχθεί και να αποφύγει τη σύγκρουση, όμως δεν το έκανε. Σαφές είναι πάντως, ότι το "ΣΑΜΑΙΝΑ" δε γνώριζε το ότι στην περιοχή ΒΑ της Σάμου, κινούνταν πλοία του Πολεμικού Ναυτικού (βρίσκονταν εκεί 5 τουλάχιστον πλοία), στα πλαίσια της άσκησης "Παρμενίων '96".Επίσης το ραντάρ του "ΣΑΜΑΙΝΑ" για αδιευκρίνιστη μέχρι στιγμής αιτία δεν έδειξε το "ίχνος" της πυραυλακάτου "ΚΩΣΤΑΚΟΣ". Εξετάζεται η κατάσταση του ραντάρ καθώς και το ενδεχόμενο παρεμβολής εξαιτίας της άσκησης.
• Ενα ακόμα ενδεχόμενο που θα εξεταστεί από τις αρμόδιες αρχές, είναι οι κινήσεις της πυραυλακάτου "ΚΩΣΤΑΚΟΣ". Με δεδομένη τη συμμετοχή της στην άσκηση "ΠΑΡΜΕΝΙΩΝ '96" είναι πιθανότατα αληθής η εκδοχή ότι διατηρούσε κλειστά τα φώτα πορείας, ενώ υπό έρευνα είναι το αν επιδίωξε να χρησιμοποιήσει το πλοίο "ΣΑΜΑΙΝΑ" ως ένδειξη της δυνατότητάς της για παραλλαγή. Δηλαδή αν επιδίωξε να περάσει κοντά από το επιβατικό, χωρίς να γίνει αντιληπτό το πολεμικό πλοίο.