Εκτός από «αλλαγή στόχων και προσανατολισμού», άλλαξε και ο κανονισμός του, «ώστε να διευκολυνθεί» η «διαχείριση που επιθυμεί ο διευθυντής». Ετσι, ενώ υπέβαλαν ταινίες με βάση τον κανονισμό «πιστεύοντας ότι έχει νομιμοποιηθεί (...) διαπιστώνουμε ότι ο υπουργός έλαβε γνώση στις 5 Φεβρουαρίου και το ΦΕΚ τον δημοσίευσε στις 28 Φεβρουαρίου, ένα και πλέον μήνα από την υποβολή των αιτήσεων συμμετοχής και 15 μέρες αφού έβγαλαν τα αποτελέσματα». Αυτό σημαίνει «ότι αμφισβητείται η νομιμότητά του, καθώς δεν πέρασε ούτε από το Γνωμοδοτικό Συμβούλιο». Φέτος, κόπηκαν 50 ελληνικές ταινίες, ενώ αυξάνονται οι ξένες. Χαρακτήρισε δε ειρωνικά ως «καινοτομία» το άρθρο του κανονισμού περί πλαφόν 30% στην ποσόστωση ελληνικών ταινιών στο φεστιβάλ, αφού «οι ποσοστώσεις αφορούν πάντα τον ελάχιστο αριθμό, ποτέ δε βάζουν πλαφόν!».
Πρόσθεσε ότι με το φεστιβάλ «καταθέτουμε την αγωνία μας για την "κρίση κριτηρίων", τις παράτυπες διαδικασίες στη διαχείριση του θεσμού που οδηγούν σε άδικες προγραφές». Αναφέρθηκε και στην παλιά νομοθετική διάταξη που επιβάλλει στις ελληνικές ταινίες, ως όρο, προηγούμενη συμμετοχή τους στο Φεστιβάλ Ντοκιμαντέρ για να συμμετάσχουν στα Κρατικά Βραβεία, με αποτέλεσμα ο αποκλεισμός των ταινιών να σημαίνει και αποκλεισμό τους από τα Κρατικά Βραβεία.
Ο σκηνοθέτης Λεωνίδας Βαρδαρός σημείωσε ότι κάθε φορά που άλλαζε ο αρχικός νόμος περί κινηματογράφου (1597/86) αυτό γινόταν σε συντηρητικότερη και αυταρχικότερη κατεύθυνση. Ετσι, με το Ν. 2557/97, ουσιαστικά «εκπαραθυρώθηκαν» οι εκπρόσωποι των σωματείων στο Φεστιβάλ Ντοκιμαντέρ και με τον 3057 προβλέφτηκε η υποχρεωτική διάταξη για τη συμμετοχή στα Κρατικά Βραβεία. Τώρα, «η "δημοκρατική ευαισθησία" του κ. Εϊπίδη (σ.σ. διευθυντή του Φεστιβάλ Ντοκιμαντέρ) δεν αντέχει ούτε όσους ο ίδιος προτείνει».
Ο σκηνοθέτης Αλέξανδρος Παπαηλιού σημείωσε ότι «ο ελληνικός κινηματογράφος ταξιδεύει ακυβέρνητος» και «όποιος προλαβαίνει, ή έχει τη συγκυριακή δυνατότητα, σπρώχνει την κινηματογραφική πολιτική όπου τον βολεύει (...). Ενωθήκαμε αυθόρμητα, σχεδόν 60 δημιουργοί ντοκιμαντέρ, και με βαθιά αίσθηση ευθύνης δίνουμε στο πρόβλημα μια δημιουργική απάντηση».
Εκ μέρους του ΚΚΕ, ο βουλευτής Γ. Ζιώγας κατήγγειλε τον αντιδημοκρατικό τρόπο λειτουργίας του φεστιβάλ και τις αλλαγές στον κανονισμό, ερήμην των κινηματογραφιστών, δηλώνοντας τη συμπαράσταση του Κόμματος στους τελευταίους και με κατάθεση σχετικής Επερώτησης στη Βουλή για τον αποκλεισμό του ελληνικού ντοκιμαντέρ από το θεσμό.
Πάντως, η διοίκηση του Φεστιβάλ συνεχίζει την απαξίωση των φορέων. Ετσι, ενώ η Εταιρεία Ελλήνων Σκηνοθετών ζήτησε από την διευθύντρια του Φεστιβάλ Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης, Δ. Μουζάκη, τον κατάλογο των Ελλήνων συμμετεχόντων στο φεστιβάλ αλλά και όσων απορρίφθηκαν, εκείνη απάντησε ότι η δημοσιοποίηση των τελευταίων είναι «καθαρά προσωπική υπόθεση του κάθε δημιουργού»!