Ανασκαφή, που άρχισαν Γάλλοι το 1828, και το 1843-44 και συνέχισε η Αρχαιολογική Εταιρία, μετά πολλών βασάνων και μακρόχρονων διακοπών: Το 1895, με ανασκαφέα τον μετέπειτα πολιτικό Θεμιστοκλή Σοφούλη. Το 1909 και 1925 με τον Γεώργιο Οικονόμου. Από το 1957 και για 14 ανασκαφικές περιόδους, με τον Αναστάσιο Ορλάνδο. Η ανασκαφή αβοήθητη από το κράτος εγκαταλείφθηκε, με αποτέλεσμα και νέες μεγάλες βλάβες των αποκαλυμμένων και μη αρχαιοτήτων. Το 1986 η ΑΕ αναθέτει στον Πέτρο Θέμελη την ανασκαφή, η οποία - ευτυχώς - έκτοτε συνεχίζεται, με κρατικά κονδύλια, καθώς η πολιτεία έπρεπε να διαλέξει: 'Η να συνεχιστεί η καταστροφή των αρχαιοτήτων της Μεσσήνης από κρατικά και ιδιωτικά συμφέροντα, ή να διασωθούν όσα διασώθηκαν. Και είναι άπειρα και αξιοθαύμαστα όσα έχουν αποκαλυφθεί: Κτίρια, ναοί, ιερά και τεμένη (Ηρακλή και Ερμή), Ασκληπιείο, Ιεροθύσιο, Λουτρά, Στάδιο, Ηρώο - Μαυσωλείο, Γυμναστήριο, γλυπτά και ανδριάντες, μνημειακή κρήνη, οικίες, νεκροταφείο, ταφικά μνημεία, πλήθος κεραμικά, 450 επιγραφές, νομίσματα (7.000), ειδώλια, αναθήματα, υπολείμματα τροφών, οστά ζώων κ.ά. Χρειάστηκε μεγάλη προσπάθεια προκειμένου οι πολύπαθες εκτεταμένες και πολύμορφες αρχαιότητες της Μεσσήνης (αρχαϊκές, κλασικές, ρωμαϊκές, υστερορωμαϊκές, βυζαντινές), στις οποίες περιηγήθηκε ο Παυσανίας, να προστατευτούν και με απαλλοτριώσεις. Εκτός της ανασκαφής διενεργούνται καταγραφές, αποτυπώσεις, φωτογραφήσεις, έργα στερέωσης, αναστήλωσης ορισμένων τμημάτων κτιριακών μνημείων, συντήρησης κινητών ευρημάτων, αλλά και συντάσσονται επιμέρους μελέτες από εξειδικευμένους Ελληνες και ξένους επιστήμονες.