Φραγμό στην άναρχη δόμηση των νησιών βάζει το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ) με μια πολύ σημαντική απόφαση για τη Σίφνο και το νησί της Κιτριανής, που αποτελεί πιλότο και για άλλες περιοχές της χώρας.

Το Ανώτατο Δικαστήριο έκρινε ότι η Πολιτεία δεν μπορεί να προχωράει σε τμηματικές χωραταξικές μελέτες, αλλά επιβάλλεται ο συνολικός σχεδιασμός και πως στα ευπαθή και ευαίσθητα οικοσυστήματα, όπως είναι τα νησιά, επιτρέπεται μόνο η ήπια ανάπτυξη που εξασφαλίζει το φυσικό και πολιτιστικό περιβάλλον.

Το Ε' Τμήμα του ΣτΕ επεξεργαζόμενο σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος (ΠΔ) έκρινε ότι δεν μπορούν να θεωρηθούν - κατά παρέκκλιση - άρτια και οικοδομήσιμα οικόπεδα, τα οποία είναι κάτω των τεσσάρων στρεμμάτων. Σύμφωνα με Διάταγμα του 1985 όσα οικόπεδα βρίσκονταν εντός της ζώνης πόλεων ή οικισμών και είχαν ελάχιστο εμβαδόν 2.000 τ.μ. θεωρούνταν, κατά παρέκκλιση του ορίου των τεσσάρων στρεμμάτων, επίσης άρτια και οικοδομήσιμα. Το Ε' Τμήμα του ΣτΕ έκρινε παράνομη την παρέκκλιση αυτή και πως η ρύθμιση αυτή αφορούσε περισσότερο οικιστικές περιοχές και όχι για περιοχές εκτός σχεδίου.

Οι αποστάσεις των κτισμάτων από τη γραμμή του αιγιαλού, σύμφωνα με το ΣτΕ, πρέπει να οριστεί παντού στα 100 μέτρα (και όχι στα 50 που προέβλεπε το σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος), για να αποφευχθεί η επιδείνωση του ευαίσθητου οικοσυστήματος των ακτών, ενώ οι αποστάσεις των οικοδομών από τα ρέματα πρέπει να μετριούνται με αφετηρία την οριογραμμή των ρεμάτων και όχι τον άξονά τους.

Τέλος, το δικαστήριο, επειδή, προφανώς, διαισθανόταν ότι η κυβέρνηση μπορεί και να μην προωθήσει τα σχετικά νομοθετικά κείμενα, έστειλε το δικό του μήνυμα, για να μην παρακαμφθεί ο προληπτικός έλεγχος του ΣτΕ: Οτι δηλαδή τα χωροταξικά σχέδια (όπως είναι οι ΖΟΕ) μπορούν να γίνουν σύμφωνα με το Σύνταγμα (άρθρα 24 και 48) μόνο με Προεδρικά Διατάγματα και όχι με υπουργική απόφαση ή αποφάσεις περιφερειάρχη και νομάρχη. Επίσης, το ΣτΕ ερμηνεύοντας για πρώτη φορά τη νέα συνταγματική διάταξη για την «αειφορία», σε συνδυασμό με το πρόγραμμα ENVIREG για την προστασία των νησιών, έκρινε ότι η Πολιτεία θα πρέπει να υποβάλει άμεσα για έγκριση τα χωροταξικά σχέδια ολόκληρων των νησιών.