Ιχνη ξυλολίου στα κατεστραμμένα βαγόνια της εμπορικής αμαξοστοιχίας που συγκρούστηκε με το «Intercity 62» εντοπίστηκαν στη διάρκεια της δεύτερης δειγματοληψίας που πραγματοποιήθηκε τον Μάη του 2024, 14 μήνες μετά το σιδηροδρομικό δυστύχημα, με τα αποτελέσματα των χημικών αναλύσεων να προκύπτουν με καθυστέρηση 9 μηνών, τον Φλεβάρη του 2025.

Από τα συνολικά 25 δείγματα που ελήφθησαν, σε 7 βρέθηκαν συγκεντρώσεις ξυλολίου πάνω από το όριο του πειραματικού σφάλματος. Τα στοιχεία που προέκυψαν από τις νέες χημικές αναλύσεις ενσωματώθηκαν στον φάκελο της δικογραφίας μόλις πριν λίγες ημέρες.

Στις 21 Μάη 2024 ο εφέτης ειδικός ανακριτής παρήγγειλε «τη διενέργεια συμπληρωματικής δειγματοληψίας από τις επιφάνειες των τεσσάρων πρώτων φορταμαξών της εμπορικής αμαξοστοιχίας 63503 και από την επιφάνεια των λαμαρινών που αυτή μετέφερε».

Οι πρώτες χημικές αναλύσεις μετά τη σύγκρουση έγιναν τον Μάρτη του 2023, με τα αποτελέσματα από το Γενικό Χημείο του Κράτους να γνωστοποιούνται στις ανακριτικές αρχές περίπου 40 μέρες αργότερα. Αντίθετα, τα αποτελέσματα της δεύτερης δειγματοληψίας προέκυψαν 9 μήνες αργότερα, χωρίς να γνωστοποιείται ο λόγος που συνέβη αυτό.

Πιο συγκεκριμένα, σύμφωνα με τα όσα αποκαλύπτονται, ίχνη ξυλολίου βρέθηκαν σε κομμάτια ξύλου στη βάση των βαγονιών, στις πλατφόρμες πάνω στις οποίες είχαν φορτωθεί τα μεταλλικά ελάσματα, καθώς και σε δείγματα επιχρίσματος και λαδιού από τις μεταλλικές επιφάνειες των βαγονιών. Με τον όρο «δείγμα επιχρίσματος και λαδιού» το Γενικό Χημείο του Κράτους περιγράφει ένα είδος λάσπης που δημιουργήθηκε από τη διαρροή των ελαίων σιλικόνης από τις μηχανές, το οποίο έχει ξεραθεί πάνω στις μεταλλικές επιφάνειες των βαγονιών.