Το μεγαλύτερο μέρος της αγόρευσής του το αφιέρωσε στην άποψή του ότι πρόκειται για μια μη δίκαιη δίκη, όπως σημείωσε τόσο στο στάδιο της προδικασίας όσο και στο στάδιο της αποδεικτικής διαδικασίας στο ακροατήριο. Αναφορικά με το στάδιο της προδικασίας ο Ι. Μυλωνάς ανέφερε δέκα λόγους για τους οποίους - κατά τη γνώμη του παραβιάστηκε η δίκαιη δίκη, όπως αυτή ορίζεται από την κείμενη νομοθεσία. «Οι συνθήκες σύλληψης και η μη γνώση της κατηγορίας από τους κατηγορουμένους. Η μεταχείριση, η άσκηση σωματικής και ψυχολογικής βίας στην Ασφάλεια. Τα προβλήματα της νοσηλείας του Σάββα Ξηρού στον "Ευαγγελισμό" και ό,τι αυτό συνεπάγεται. Οι συνθήκες της ανάκρισης στην ανακρίτρια κ. Μπούρη με την ύπαρξη ένοπλων αστυνομικών. Ο τρόπος διεξαγωγής της ανάκρισης στους εφέτες ανακριτές και η ταχύτητα της διαδικασίας και στους εφέτες ανακριτές και στο Συμβούλιο Εφετών». Σύμφωνα με το συνήγορο υπάρχουν άλλοι τέσσερις λόγοι «οι οποίοι ναι μεν δεν επηρεάζουν ευθέως την ακροαματική διαδικασία, αλλά συνιστούν αυτοτελείς παραβιάσεις και του ισχύοντος Δικαίου και ιδίως της ΕΣΔΑ».
Συγκεκριμένα ανέφερε: Τις συνθήκες κράτησης σε ειδικά διαμορφωμένα κελιά των φυλακών του Κορυδαλλού. Την υποκατάσταση της ανάκρισης από την Αστυνομία με αποτέλεσμα στο ρόλο του Τακτικού Ανακριτή να έρχεται η Αστυνομία και ο εισαγγελέας Διώτης. Την παραβίαση της νομοθεσίας στο ζήτημα της προσωρινής κράτησης. Ακόμα, χαρακτήρισε παραβίαση της νομιμότητας το παραπεμπτικό βούλευμα. «Το βούλευμα είναι ντροπή», είπε χαρακτηριστικά.
Για την ακροαματική διαδικασία ο Ιππ. Μυλωνάς ανέφερε ότι παραβιάστηκε η δίκαιη δίκη, γιατί το Δικαστήριο συγκροτήθηκε κατά παράβαση του άρθρου 97 του Συντάγματος. Οι κατηγορούμενοι στερήθηκαν το φυσικό τους δικαστή, ενώ την υπόθεση έπρεπε να εκδικάσει μεικτό ορκωτό δικαστήριο. Ταυτόχρονα πρόσθεσε ότι η Εισαγγελία δεν τήρησε την προβλεπόμενη διαδικασία, αιφνιδίαζε τους κατηγορούμενους φέρνοντας στη διάρκεια της διαδικασίας νέα στοιχεία και πραγματογνωμοσύνες, ενώ δεν αποκάλυπτε πλήρως τα στοιχεία που είχε στη διάθεσή της.
Στο διάλειμμα της δίκης ο Δ. Κουφοντίνας σχολιάζοντας το γκάλοπ που δημοσιεύτηκε στην «Ελευθεροτυπία», για τα ζητήματα της δίκης έσπευσε να χαρακτηρίσει την έρευνα «πολύ σοβαρή» και να προσθέσει «μετά από όλα αυτά φαίνεται για ποιο λόγο προσπάθησαν να μην μπει η τηλεόραση εδώ μέσα».