Με δύο έργα του Μίκη Θεοδωράκη, το «Κρητικό κοντσερτίνο για άλτο σαξόφωνο και ορχήστρα» και το «Αντάτζιο για σοπράνο σαξόφωνο και έγχορδα», άρχισε το «ταξίδι» της στη λόγια ελληνική μουσική η πολυεθνική δισκογραφική εταιρεία «Naxos». Τα δύο έργα είναι τα πρώτα του δίσκου «Impressions for Saxophone and Orchestra», που εγκαινίασε τη σειρά «Greek Classics», όπου επίσης ακούγονται έργα των Νίκου Σκαλκώτα, Μάνου Χατζιδάκι, Θόδωρου Αντωνίου, Βασίλη Τενίδη και Μηνά Αλεξιάδη, με την Κρατική Ορχήστρα Θεσσαλονίκης, σε διεύθυνση Μύρωνα Μιχαηλίδη, με σολίστ τον σαξοφωνίστα Θόδωρο Κερκέζο. Το πρώτο έργο αποτελεί ενορχηστρωμένη και διασκευασμένη εκδοχή της τριμερούς «Σονατίνας αρ. 1 για βιολί και πιάνο», που ο Μ. Θεοδωράκης συνέθεσε το 1952. Το δεύτερο έργο (1993), ο συνθέτης το αφιέρωσε στα θύματα του βοσνιακού πολέμου.

Η γερμανική εταιρεία «Intuition Classics» κυκλοφόρησε ένα CD με δύο ραψωδίες που συνέθεσε τα τελευταία χρόνια ο Μ. Θεοδωράκης, μέσα από επανεπεξεργασία παλαιότερου μουσικού υλικού. Πρόκειται για τη «Ραψωδία για βιολοντσέλο και ορχήστρα», για τη δημιουργία της οποίας ο συνθέτης δανείστηκε μελωδικό υλικό των κύκλων τραγουδιών του «Τα λυρικότερα» και «Τα πρόσωπα του ήλιου» (ποίηση Διονύση Καρατζά). Επίσης, για τη «Ραψωδία για κιθάρα και ορχήστρα» - νέα επεξεργασία του κύκλου τραγουδιών σε ποίηση Λόρκα «Romancero Gitano». Σολίστ είναι οι Γερμανοί μουσικοί Σεμπάστιαν Χες (βιολοντσέλο) και Φραντς Χάλαστς (κιθάρα), συνοδεία της Συμφωνική της Νυρεμβέργης, σε διεύθυνση του Τζον Κέργουι.

Η «Ραψωδία για βιολοντσέλο και ορχήστρα», σε διαφορετική εκτέλεση από τη Συμφωνική Ορχήστρα του Ααχεν, με σολίστ τον βιολοντσελίστα Γιοχάνες Μόζερ, περιλαμβάνεται και στο CD που κυκλοφόρησε η «Coviello Classics» - ηχογράφηση της συναυλίας, που δόθηκε στην απονομή του Μουσικού Βραβείου της Ουνέσκο στον Μ. Θεοδωράκη (4/11/2005). Σ' εκείνη την ιστορική συναυλία στο Ααχεν, με διεύθυνση του Μάρκους Μπος, παρουσιάστηκε και η σουίτα - μπαλέτο «Los Amantes de Teruel» (1958), που περιλαμβάνεται επίσης στο CD.

Από την «Intuition Classics» κυκλοφόρησε και CD με την πολιτική όπερα του Μ. Θεοδωράκη «Οι μεταμορφώσεις του Διόνυσου (Κώστας Καρυωτάκης)», που αποτελεί το πρώτο οπερατικό εγχείρημα του συνθέτη - με λιμπρέτο του ίδιου - που πρωτοπαρουσιάστηκε το 1987 στη Λυρική Σκηνή. Συνδυάζοντας τραγωδία και σάτιρα σε ένα υπερρεαλιστικό περιβάλλον, στηρίζεται στο μύθο του Διονύσου, ο οποίος ενσαρκώνει το πνεύμα της ανταρσίας, ενώ παράλληλα ενσωματώνει ποιήματα των Καρυωτάκη και Βάρναλη. Τους λυρικούς σολίστες και τη χορωδία συνοδεύει η Orchestra di Musica Difficile του Gdansk. Η ηχογράφηση έγινε το 1999.