Τα αρχικά βήματα μετατροπής του καλαμποκιού ή της κυτταρίνης σε αιθανόλη διαφέρουν σημαντικά. Ο καρπός του καλαμποκιού θρυμματίζεται, μαγειρεύεται υπό πίεση και πολτοποιείται πριν την είσοδό του στο ζυμωτήρα. Η κυτταρίνη υπόκειται σε επεξεργασία με ατμό ώστε να αποκαλυφθούν οι ίνες της στα ένζυμα που θα τις μετατρέψουν σε σάκχαρα μέσα σε ένα βιοαντιδραστήρα. Ακόμα δεν έχουν ανακαλυφθεί βιοαντιδράσεις αποδοτικές σε βιομηχανική κλίμακα για τη μετατροπή της κυτταρίνης, ωστόσο η λιγνίνη που μένει μετά από την επεξεργασία αντισταθμίζει το πρόβλημα, αφού μπορεί να καεί για τη συμπαραγωγή ατμού και ηλεκτρισμού. Η απόσταξη είτε του προϊόντος της επεξεργασίας του καλαμποκιού, είτε της επεξεργασίας της κυτταρίνης δίνει ένα πολύτιμο υπόλειμμα, που μπορεί με κατάλληλη επεξεργασία να μετατραπεί σε ζωοτροφή.