Ωστόσο, το όλο ζήτημα έχει μια ιστορική διαδρομή που καμιά εκ των δυο εξουσιών, πολιτειακή κι εκκλησιαστική, αναφέρει στις πραγματικές διαστάσεις. Είναι ιστορικά αποδεδειγμένη η άρνηση του ορθόδοξου ιερατείου να αποδεχτεί την Ελληνική Επανάσταση του 1821. Αντίθετα προς αυτό, είναι γνωστός ο αντιστασιακός απελευθερωτικός ρόλος του κατώτερου κλήρου, των απλών παπάδων σε πόλεις και χωριά. Ηταν μια έμμεση ταξική αντίθεση μεταξύ των κοτζαμπάσηδων και των κολίγων. Οποιαδήποτε σύγχρονη αναφορά στο ζήτημα της σχέσης Πολιτείας - Εκκλησίας, του ρόλου της και των επιπτώσεών της στο λαό, είναι υποχρεωμένη να καταφεύγει σ' αυτή την ιστορική αλήθεια από τη γέννηση του νεότερου ελληνικού κράτους. Ο διαχωρισμός στους κόλπους της Εκκλησίας συνεχίζεται και στα γεγονότα του εμφυλίου πολέμου, στον αρνητικό ρόλο του ανώτερου ιερατείου - πλην πεφωτισμένων εξαιρέσεων.

Σήμερα, στην εποχή της «παγκοσμιοποίησης» που προσπαθεί να μεταβάλλει τους λαούς σε χωρίς όνομα και ταυτότητα μάζα, το ζήτημα του ρόλου Εκκλησίας και Πολιτείας παίρνει ανάλογες διαστάσεις. Το εκκλησιαστικό ιερατείο νιώθει να απειλείται η αποκλειστική παρουσία του από διεφθαρμένους τρόπους ζωής και σατανικά δόγματα που επιβάλλονται από αλλοδαπά κέντρα εξουσίας. Γι' αυτό και θεωρεί την εμμονή του να καθορίζει εν πολλοίς τα πολιτειακά ζητήματα ως λυδία λίθο εξουσίας. Από την πλευρά της η πολιτειακή εξουσία χρησιμοποιεί εκάστοτε την Εκκλησία ως αποδιοπομπαίο τράγο στη δυστοκία της να επιλύσει καθαρά πολιτικά ζητήματα, όπως αυτό της Μέσης Ανατολής, που σχετίζεται με το όλο της ελληνικής εξωτερικής πολιτικής. Προσπαθεί να βάλει στο ίδιο κεφάλι την παλαιστινιακή μαντίλα και το εβραίικο σκουφάκι. Αποτέλεσμα αυτής της πολιτικής είναι η εμπλοκή του Πατριαρχείου της Ιερουσαλήμ σε πολιτικές αντιδικίες που δεν του ανήκουν. Η ερώτηση είναι σαφής: Ποιος έδωσε το δικαίωμα στο Πατριαρχείο να ασκεί επαμφοτερίζουσα πολιτική που ουσιαστικά αντίκειται στον ουδέτερο πνευματικό του ρόλο;