Το νέο θεσμικό πλαίσιο έρχεται να περιορίσει και να απομαζικοποιήσει τα μεταπτυχιακά. Θέτει όρους για την επιλογή των φοιτητών που θα συνεχίσουν τις σπουδές τους σε αυτά, ακολουθώντας τις επιταγές της Μπολόνια για ταχύρυθμο και φθηνό σε κόστος πρώτο κύκλο σπουδών, οι απόφοιτοι του οποίου θα είναι μισοειδικευμένοι κι ευέλικτοι εργαζόμενοι μιας χρήσης, με την ειδίκευση να εξορίζεται στα μεταπτυχιακά για λίγους.

Επιπλέον, με το νέο προσχέδιο νόμου, τα μεταπτυχιακά αποδεσμεύονται από το διδακτορικό. Σύμφωνα με το προσχέδιο, το κράτος επιχορηγεί ένα μόνο μεταπτυχιακό σε κάθε τμήμα, (αφήνοντας τα υπόλοιπα να αναζητήσουν άλλους πόρους) με προτεραιότητα αυτά που «εντάσσονται στο πλαίσιο επιστημονικών τομέων προτεραιότητας, που προκηρύσσονται με αποφάσεις υπουργού Εθνικής Παιδείας», δηλαδή τις περιβόητες ανάγκες της αγοράς. «Πηγές εσόδων μπορεί να είναι δωρεές, χορηγίες, παροχές, κληροδοτήματα, φορέων του δημόσιου ή ιδιωτικού τομέα γενικά, νομικά ή φυσικά πρόσωπα, ερευνητικά προγράμματα, κοινοτικά προγράμματα, επιχορηγήσεις του κρατικού προϋπολογισμού και δίδακτρα», αναφέρεται στο προσχέδιο, εισάγοντας την ιδιωτικοοικονομική λειτουργία των μεταπτυχιακών, τόσο ως προς τη χρηματοδότησή τους όσο και ως προς το αντικείμενό τους. Μάλιστα, προβλέπεται ότι η διάρκειά τους είναι το πολύ 8 χρόνια, ώστε να μπορούν να είναι ευέλικτα στις απαιτήσεις της αγοράς, οι οποίες ως γνωστόν αλλάζουν διαρκώς. Δίνεται επίσης η δυνατότητα στα ΤΕΙ να κάνουν μεταπτυχιακά.

Στο προσχέδιο, υπάρχει ξεχωριστή διάταξη για τη λειτουργία των Ερευνητικών Πανεπιστημιακών Ινστιτούτων, με την οποία η έρευνα μεταφέρεται σε εξωπανεπιστημιακά κέντρα, στα οποία ανατίθεται αναβαθμισμένος ρόλος σε ερευνητικές δραστηριότητες μεσαίας και μεγάλης κλίμακας. Το σχέδιο του υπουργείου είναι βέβαια εναρμονισμένο με τον καταδικασμένο από τους φοιτητές αντιδραστικό νόμο πλαίσιο, πλευρές του οποίου εφαρμόζει (όριο στη χρονική διάρκεια των σπουδών, αξιολόγηση, μερική φοίτηση και στα μεταπτυχιακά κλπ) και έρχεται με τις ρυθμίσεις του να συμπληρώσει ένα θεσμικό πλαίσιο λειτουργίας των πανεπιστημίων σύμφωνα με τις ανάγκες της αγοράς.