Ακόμη και οι ελάχιστοι περιορισμοί, που καθιερώνονταν στη λειτουργία ιδιωτικών ΚΤΕΟ με ΠΔ του υπουργείου Μεταφορών, κρίθηκαν αντισυνταγματικοί και παράνομοι από την Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας, με βάση την κοινοτική νομοθεσία. Ετσι, με τη «βούλα» του Ανωτάτου Δικαστηρίου (πρόεδρος ο Ι. Παναγιωτόπουλος) επιβάλλεται η πλήρης ασυδοσία στη λειτουργία των ιδιωτικών ΚΤΕΟ.

Ειδικότερα, η Ολομέλεια του ΣτΕ κατά την επεξεργασία ΠΔ έκρινε αντίθετες με την κοινοτική νομοθεσία τις διατάξεις, οι οποίες προέβλεπαν διοικητικές κυρώσεις στους ιδιοκτήτες των ΚΤΕΟ (προσωρινή ή οριστική ανάκληση της άδειας λειτουργίας τους, επιβολή προστίμων κλπ), στις περιπτώσεις που παραβιάζουν τη νομοθεσία για τη λειτουργία των ΚΤΕΟ.