Από την κλήρωση των ζευγαριών για τη φάση των 16, προέκυψε ντέρμπι. ΠΑΟΚ - Αρης θα διεκδικήσουν το ένα από τα εισιτήρια, που οδηγούν στον επόμενο γύρο. Ο Ολυμπιακός καλείται να ξεπεράσει το εμπόδιο του ΟΦΗ, στην Κρήτη, και ο Παναθηναϊκός του Πανθρακικού, στο γήπεδο των ακριτών. Σαφώς πιο τυχερή (θεωρητικά) η ΑΕΚ που θα υποδεχτεί την Κέρκυρα. Τα υπόλοιπα 4 ζευγάρια, είναι Εργοτέλης - Ξάνθη, Βέροια - Πανιώνιος, Πανσερραϊκός - Λάρισα, Αστέρας Τρίπολης - Ηρακλής. Οι αγώνες είναι μονοί και θα διεξαχθούν στις 14 και 21 Ιανουαρίου 2009. Αν δεν υπάρξει νικητής (ισοπαλία) τότε θα γίνει επαναληπτικό παιχνίδι (28/1).