Σχεδόν σε όλες τις τροφές υπάρχει ένα ποσοστό νερού. Τα μόρια του νερού έχουν θετικό φορτίο στο ένα άκρο τους και αρνητικό στο άλλο. Το ηλεκτρομαγνητικό πεδίο ενός φούρνου μικροκυμάτων προσανατολίζει τα θετικά άκρα των μορίων του νερού προς τη μια κατεύθυνση και τα αρνητικά προς την άλλη. Επειδή το πεδίο αυτό αντιστρέφεται με ρυθμό 4,9 δισεκατομμύρια φορές το δευτερόλεπτο, τα μόρια ταλαντώνονται ταχύτατα μπρος πίσω. Καθώς περιστρέφονται, συγκρούονται μεταξύ τους και με τα άλλα μόρια της τροφής, με αποτέλεσμα λόγω της τριβής να παραχθεί θερμότητα. Τα κεραμικά και γυάλινα δοχεία δεν περιέχουν νερό και γι' αυτό παραμένουν κρύα, αν και το φαγητό που ζεσταίνεται τελικά θα τα θερμάνει κι αυτά με μετάδοση θερμότητας μέσω επαφής.