Ο μετασχηματιστής, η δίοδος και ο πυκνωτής μετατρέπουν το εναλλασσόμενο ηλεκτρικό ρεύμα των 220 βολτ σε συνεχές ρεύμα 3.000 ή 4.000 βολτ και το διοχετεύουν μέσω καλωδίων στο μαγνητρόνιο. Το μαγνητρόνιο παράγει μικροκύματα, τα οποία εκπέμπει μέσω της κεραίας του μέσα σε ένα κυματοδηγό, διαμέσου του οποίου τα μικροκύματα φτάνουν τελικά στο θάλαμο μαγειρέματος. Εκεί ανακλώνται πολλαπλά από τα μεταλλικά τοιχώματα. Το φαγητό περιστρέφεται πάνω σε ένα δίσκο, έτσι ώστε να απορροφήσει τα μικροκύματα με τον πιο ομοιόμορφο τρόπο, χωρίς δηλαδή να ζεσταθεί υπερβολικά από τη μια μεριά. Ορισμένοι φούρνοι μικροκυμάτων που δεν έχουν περιστρεφόμενο δίσκο, διαθέτουν μία λάμα στην άκρη του κυματοδηγού, ώστε να κατευθύνουν τα μικροκύματα προς όλες τις πλευρές του θαλάμου.