Πέρσι, στα σχέδια της κυβέρνησης εμφανίστηκαν σκέψεις για κατάργηση της σχολής στο πλαίσιο των συγχωνεύσεων διαφόρων οργανισμών που προωθούνταν, κάτι όμως που ευτυχώς αποτράπηκε. Μάλιστα, το ΚΚΕ είχε καταθέσει σχετική Ερώτηση στη Βουλή ενάντια στην κατάργηση της σχολής και με αίτημα να συνεχίσει τη λειτουργία της με αποκλειστική χρηματοδότηση από το κράτος.

Ωστόσο, η κρατική χρηματοδότηση για τη σχολή δεν επαρκεί, καθώς, όπως είχε δηλώσει πέρσι στη Βουλή ο υφυπουργός Πολιτισμού, Γ. Ανδριανός, οι λειτουργικές δαπάνες εξυπηρετούνται σχεδόν αποκλειστικά από την ετήσια χρηματοδότηση του Πανελλήνιου Ιερού Ιδρύματος Ευαγγελιστρίας Τήνου (ΠΙΙΕΤ). Η αλήθεια είναι ότι το ΠΙΙΕΤ χρηματοδοτεί και κάνει χορηγίες στη σχολή από την ίδρυσή της και μάλιστα ένας εκπρόσωπος της διοίκησης του ΠΙΙΕΤ συμμετέχει στη Σχολική Εφορεία της Σχολής.

Τώρα, με τροπολογία των βουλευτών του ΠΑΣΟΚ και της ΝΔ αντίστοιχα, Παναγιώτη Ρήγα και Αννας Καραμανλή, που πέρασε στο νομοσχέδιο για τις θρησκευτικές κοινότητες, ο πρόεδρος του ΠΙΙΕΤ θα συμμετέχει στην επιτροπή που εισηγείται στον υπουργό Παιδείας τα μαθήματα και το περιεχόμενο σπουδών της σχολής (μαζί με δύο καθηγητές της Αρχιτεκτονικής του ΕΜΠ και δύο καθηγητές της Ανώτατης Σχολής Καλών Τεχνών οι οποίοι μέχρι τώρα αποτελούσαν την επιτροπή). Η νέα αυτή εξέλιξη προκαλεί ερωτήματα ως προς την κατεύθυνση που επιχειρείται να δοθεί στο περιεχόμενο της σχολής και εύλογη ανησυχία στην τοπική κοινωνία.