Μετά από δύο χρόνια, τελικώς το υπουργείο Γεωργίας και ο Ενιαίος Φορέας Ελέγχου Τροφίμων (ΕΦΕΤ) αποφάσισαν να προσδιορίσουν τις αρμοδιότητές τους στον τομέα ελέγχου των τροφίμων. Σύμφωνα με κοινή υπουργική απόφαση (Ανάπτυξης - Γεωργίας), ο ΕΦΕΤ ως κεντρική αρμόδια αρχή αναλαμβάνει πλήρως την ευθύνη συντονισμού και εποπτείας του συστήματος ελέγχου μετά την πρωτογενή παραγωγή και την πρώτη μεταποίηση των αγροτικών προϊόντων ζωικής ή φυτικής προέλευσης που προορίζονται για τρόφιμα. Δηλαδή ο ΕΦΕΤ αναλαμβάνει την ευθύνη οργάνωσης του συστήματος ελέγχων στις επιχειρήσεις μεταποίησης - επεξεργασίας και παρασκευής, στις επιχειρήσεις εμπορίας και διακίνησης ως τη διάθεση στον τελικό καταναλωτή.

Στα όρια των αρμοδιοτήτων του υπουργείου Γεωργίας παραμένει η πρωτογενής παραγωγή (καλλιέργειες, εκτροφές κλπ.) και οι εγκαταστάσεις «πρώτης μεταποίησης», όπως τα σφαγεία, οι ιχθυόσκαλες, τα συσκευαστήρια - τυποποιητήρια και οι «καθετοποιημένες» μονάδες.

Ωστόσο, το ξεκαθάρισμα των αρμοδιοτήτων δημιουργεί πλέον εύλογα ερωτηματικά για το πώς γίνονταν και γίνονται μέχρι τώρα έλεγχοι. Επίσης ένα ακόμη σοβαρό ζήτημα είναι η σημαντική έλλειψη προσωπικού, τόσο για τον ΕΦΕΤ, όσο και για τις αρμόδιες υπηρεσίες του υπουργείου Γεωργίας.