Παρά τις προγραμματικές συμβάσεις (του 1989 και του 1997), η συντήρηση και προστασία του αρχαιολογικού χώρου και του θεάτρου της Δωδώνης δεν προχώρησε ούτε βήμα. Τόσο, ώστε το έργο απεντάχθηκε από το Β` ΚΠΣ ως ανώριμο, και ανώριμο σημαίνει ότι δεν είχαν γίνει ούτε οι μελέτες αποκατάστασης των μνημείων.

Κι αφού οι προγραμματικές συμβάσεις δε λειτούργησαν, το έργο μεταφέρθηκε στην ευθύνη του Ταμείου Διαχείρισης Πόρων Αρχαιολογικών Εργων (ΤΔΠΑΕ). Δηλαδή στο Ταμείο που ήδη μετράει σχεδόν 25 έργα, τα μεγαλύτερα και πολυπλοκότερα ως προς την προστασία και αποκατάστασή τους και που ανάμεσα σε αυτά βρίσκονται μνημεία που, αν και σπουδαία, μοναδικά και σε κρίσιμη κατάσταση, ούτε το Ταμείο μπόρεσε να «διαχειριστεί» τη φροντίδα τους. Στο Ταμείο για το οποίο πρόσφατα διατυπωνόταν από το Συμβούλιο ότι χρειάζεται να επανεξεταστούν τα έργα ευθύνης του, ενώ από τους συλλόγους του ΥΠΠΟ λεγόταν ότι το ΤΔΠΑΕ τείνει να υποκαταστήσει την Υπηρεσία. Ετσι φάνηκε δικαιολογημένη η απορία μελών του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου, «αφού η Δωδώνη δεν προχώρησε με τις προγραμματικές συμβάσεις, πώς θα προχωρήσει με το Ταμείο;», όπως και η παρατήρηση ότι «η αιτιολόγηση της ένταξης στο ΤΔΠΑΕ με τη διατύπωση "είναι σπουδαίο" υποβαθμίζει την Υπηρεσία».

Πάντως, ο χώρος αντιμετωπίζει δεκάδες προβλήματα στην κατάσταση διατήρησής του, ενώ, όπως ακούστηκε προχτές, το θέατρο αρχαιολογικά είναι κατεστραμμένο, αφού ο σχιστολιθικός ασβεστόλιθος δε διατηρεί τίποτα από την επιφάνειά του. Σύμφωνα με τις προτεραιότητες της αρμόδιας Εφορείας, τα άμεσα μέτρα αφορούν σε στερεώσεις και συγκολλήσεις λίθων και θα ακολουθήσει η τεκμηρίωση και η αποκατάσταση. Το Συμβούλιο χτες όρισε Επιτροπή Παρακολούθησης, αποτελούμενη από: τη Διεύθυνση Αρχαιοτήτων, Αναστήλωσης και Συντήρησης, την Εφορεία, αρχαιολόγο του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων (το οποίο διενεργεί ανασκαφές στο χώρο), τον καθηγητή Γεωλογίας Ηλία Μαριολάκο και τον αρχιτέκτονα Ι. Μπολέττη.