Ποια είναι όμως η ταυτότητα του Βυζαντινού Μουσείου; Γεννήθηκε το 1884 και για αρκετά χρόνια έζησε "ανά τας οδούς και τας πλατείας του ιοστεφάνου Αστεως",όπως γλαφυρά σημείωνε ο τότε διευθυντής της Χριστιανικής Αρχαιολογικής Εταιρείας, Γεώργιος Λαμπάκης.Βέβαια ανάλογα με τις πολιτικές και κοινωνικές συνιστώσες της εποχής διαμορφώνεται και η εκθετική φιλοσοφία του Μουσείου. Τότε ο άξονας ήταν η Εκκλησία και το ορθόδοξο δόγμα, έτσι συγκεντρώνονται κυρίως χριστιανικά κειμήλια. Το 1914 ο Αδαμάντιος Αδαμαντίου γίνεται ο πρώτος διευθυντής του Βυζαντινού και Χριστιανικού Μουσείου, που τότε στεγαζόταν στο ισόγειο της Ακαδημίας Αθηνών, και σημειώνεται η πρώτη ιδεολογική μετατόπιση, αναδεικνύοντας τα χαρακτηριστικά της εθνικής ιστορίας και τέχνης. Την αναγνώριση του ελληνισμού μέσα από τα αντικείμενα τέχνης αναπτύσσει περισσότερο από το 1923 ο καθηγητής Γεώργιος Σωτηρίου ως διευθυντής του Μουσείου, ο οποίος όμως διακατεχόταν από τη Μεγάλη Ιδέα. Για πρώτη όμως φορά τα αντικείμενα οργανώνονται σε επιστημονική βάση. Σε αυτόν οφείλεται και η παραχώρηση από το στρατό, το 1930, του Μεγάρου της Δούκισσας της Πλακεντίας.

Οταν το 1960 ορίζεται διευθυντής ο Μανόλης Χατζηδάκης αρχίζει μια νέα φάση στην εκθετική ιδεολογία του Μουσείου. Αναπτύσσονται νέες δραστηριότητες, αναδιοργανώνονται αίθουσες, εκτίθενται νέα αντικείμενα, ιδρύεται το Κεντρικό Εργαστήριο Συντήρησης. Μια πορεία που σταμάτησε απότομα με το πραξικόπημα του 1967 και τη βίαιη απομάκρυνση του Χατζηδάκη, τον οποίο αντικατέστησε ο Αν. Ορλάνδος.Ο Μ. Χατζηδάκης επανήλθε το 1974, αλλά μόνο για ένα χρόνο.

Ηδη πάντως όλα αυτά τα χρόνια, από ιδρύσεως του Μουσείου, είχε παγιωθεί η βασική ιδέα στην έκθεση και ανάδειξη των αντικειμένων του Βυζαντινού Πολιτισμού. Το αντικείμενο αντιμετωπίζεται πρωταρχικά ως έργο τέχνης και αυτή η θεώρηση αποτέλεσε τον εκθετικό άξονα.