Κομβικό σημείο για τις ελληνοτουρκικές προστριβές στο Αιγαίο αποτελεί η υφαλοκρηπίδα, δηλαδή το δικαίωμα εκμετάλλευσης του βυθού και του υπεδάφους του στη θαλάσσια περιοχή πέρα από τα χωρικά ύδατα της κάθε χώρας. Πρόκειται για το βυθό των διεθνών υδάτων, όπου η παράκτια χώρα στην οποία ανήκει δεν ασκεί εθνική κυριαρχία, δηλαδή πλήρη και απόλυτη εξουσία, όπως στη ζώνη των χωρικών υδάτων και του εναέριου χώρου, αλλά ασκεί ένα συγκεκριμένο δικαίωμα, όπως η εκμετάλλευση του βυθού, το οποίο όμως ασκείται κατ' αποκλειστικότητα, δηλαδή είναι κυριαρχικό δικαίωμα και όχι πλήρης κυριαρχία.

Στον πυρήνα της τουρκικής διεκδίκησης επί της υφαλοκρηπίδας βρίσκεται ο ισχυρισμός ότι τα νησιά δεν έχουν υφαλοκρηπίδα και κατά συνέπεια η οριοθέτησή της στο Αιγαίο πρέπει να γίνει με βάση τη μέση γραμμή από βορά προς νότο, μεταξύ τουρκικών παραλίων και των απέναντι παραλίων της ηπειρωτικής Ελλάδας. Είναι η γνωστή γραμμή του 25ου παραλλήλου, που έχει τεθεί ως όριο των τουρκικών διεκδικήσεων στο Αιγαίο (υφαλοκρηπίδα, FIR, έρευνα και διάσωση, επιχειρησιακός έλεγχος κλπ.).

Τυχόν υιοθέτηση αυτής της λύσης σημαίνει ότι τα ελληνικά νησιά του Ανατολικού Αιγαίου θα περιβάλλονται από τουρκική υφαλοκρηπίδα με ό,τι αυτό συνεπάγεται για την ασφάλειά τους, σε συνδυασμό και με τις άλλες τουρκικές διεκδικήσεις (χωρικά ύδατα, εναέριος χώρος, αποστρατιωτικοποίηση).

Η Τουρκία προτείνει «πολιτική» λύση, δηλαδή οριοθέτηση της υφαλοκρηπίδας πέρα από τους κανόνες του Διεθνούς Δικαίου που δίνουν στα νησιά υφαλοκρηπίδα, με βάση τη διμερή διαπραγμάτευση, ενώ αφήνει ανοιχτό και το ενδεχόμενο για συνεκμετάλλευση των αμφισβητούμενων περιοχών («γκρίζες ζώνες»), δηλαδή όλες εκείνες όπου υπάρχουν νησιά και νησίδες και βραχονησίδες που δεν αναφέρονται ονομαστικά στις Συνθήκες με τις οποίες μεταβιβάστηκαν στην Ελλάδα από το 1821 και μετά.

Το θέμα της υφαλοκρηπίδας σχετίζεται άμεσα με όλο το πλέγμα των ελληνοτουρκικών προβλημάτων στο Αιγαίο και κυρίως με το ζήτημα των χωρικών υδάτων. Τυχόν προσέγγιση για οριοθέτηση της υφαλοκρηπίδας επηρεάζει και τα υπόλοιπα ως ντόμινο.

Απαραίτητη προϋπόθεση για την προσφυγή στη Χάγη είναι να συμφωνήσουν οι δύο χώρες για το ποια θέματα θα παραπέμψουν και να δεσμευτούν εκ των προτέρων ότι είναι αποδεκτή η όποια κρίση του Δικαστηρίου. Αυτό είναι το λεγόμενο «συνυποσχετικό».

Ουσιαστικά, η υπογραφή του συνυποσχετικού σημαίνει εκ των προτέρων κλείσιμο του θέματος του πλάτους των ελληνικών χωρικών υδάτων. Συμφωνία, δηλαδή, είτε για επέκτασή τους στα 12 μίλια ή δέσμευση για παραμονή τους στα 6 μίλια ή διμερή διαπραγμάτευση Ελλάδας - Τουρκίας για επιλεκτική επέκταση με τη σύμφωνη γνώμη της Τουρκίας. Το συνυποσχετικό σημαίνει ακόμα συμφωνία για το θέμα των «γκρίζων ζωνών». Ολα αυτά προϋποθέτουν ότι πριν την παραπομπή θα πρέπει να έχει επέλθει, διά του «συνυποσχετικού», συμφωνία όχι μόνο επί της διαδικασίας αλλά και επί της ουσίας.

Αξίζει να αναφέρουμε πως εάν το εύρος των ελληνικών χωρικών υδάτων γίνει 12 μίλια από 6 μίλια που είναι τώρα, εκ των πραγμάτων δε θα υπάρχει υφαλοκρηπίδα προς διευθέτηση, γιατί τα ελληνικά χωρικά ύδατα είτε θα καλύψουν λόγω επέκτασής τους μεγάλο μέρος των διεθνών υδάτων ο βυθός των οποίων είναι η υφαλοκρηπίδα, είτε θα «εγκλωβίσουν» ένα άλλο μέρος των διεθνών υδάτων. Σε αυτό βοηθάει η γεωγραφική διάταξη των νησιών που σχηματίζουν έναν «κλοιό» απέναντι στα τουρκικά παράλια.

Σε επίπεδο Διεθνούς Δικαίου, το θέμα της υφαλοκρηπίδας αντιμετωπίστηκε αρχικά το 1958 με τη Σύμβαση της Γενεύης και τελικά από το 1982 με τη νέα Διεθνή Σύμβαση για το Δίκαιο της Θάλασσας στο Μοντέγκο Μπέι, που κωδικοποιήθηκε ως Διεθνές Δίκαιο της Θάλασσας το 1994 και επικυρώθηκε από την Ελλάδα το 1995.

Ως ανώτατο εύρος της υφαλοκρηπίδας ορίζονται τα 200 μίλια από τα όρια των χωρικών υδάτων, πράγμα που στο Αιγαίο είναι πρακτικά ανεφάρμοστο αφού δεν το επιτρέπει η έκτασή του. Η Τουρκία δεν έχει υπογράψει τη Σύμβαση για το Δίκαιο της Θάλασσας.