Η έκθεση της Κομισιόν αναφέρεται και στη μη λειτουργία της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης. Δίνουμε, λοιπόν, ορισμένα στοιχεία γι' αυτήν τη σχολή, μια που η λειτουργία της είναι επιπλέον αντικείμενο συζήτησης μεταξύ της ελληνικής και της τουρκικής κυβέρνησης

Η Θεολογική Σχολή της Χάλκης ήταν ίδρυμα αποφοίτησης ορθόδοξων κληρικών. Λειτούργησε από το 1844 έως το 1971 και έκλεισε με Νόμο της τουρκικής κυβέρνησης. Είχε, σύμφωνα με όσα λέγονται, ανεξάρτητη συγκρότηση. Διατηρούσε κοσμήτορα, καθηγητές, θεολόγους και είχε Τούρκο υποδιευθυντή. Αποτελούνταν από γυμνασιακό τμήμα και ιερατική σχολή. Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα και τον κανονισμό, τα διαμόρφωνε η σχολή κι εγκρίνονταν από τις τουρκικές αρχές. Οι καθηγητές και μαθητές πρέπει να ήταν Τούρκοι υπήκοοι, προβλεπόταν, όμως, και φοίτηση μικρού αριθμού αλλοδαπών μαθητών και δυνατότητα αλλοδαπών διδασκόντων.

Σύμφωνα με όσα έχουν δει το φως της δημοσιότητας, για τις «διαπραγματεύσεις» που γίνονται μεταξύ τουρκικής κυβέρνησης και Πατριαρχείου, η Τουρκία προσπαθεί να εντάξει τη σχολή στο σύστημα Παιδείας της, ως τμήμα κάποιου Πανεπιστημίου. Από την άλλη πλευρά, το Πατριαρχείο προσπαθεί να πετύχει την επαναλειτουργία της σχολής με το καθεστώς του πριν το 1971. Μάλιστα, σύμφωνα με πληροφορίες, σημείο διαπραγμάτευσης είναι η δυνατότητα να διδάσκουν και καθηγητές που δεν είναι Τούρκοι υπήκοοι. Οσο για τη φοίτηση μεγαλύτερου αριθμού αλλοδαπών μαθητών, ορθόδοξης παράδοσης, κλίματος Πατριαρχείου, σχετίζεται, όπως λέγεται, και με τη δυνατότητα χώρου διαμονής, στη σχολή. Μέχρι τώρα, πάντως, για τη Χάλκη δεν υπάρχει καμία επίσημη ανακοίνωση.

Να σημειώσουμε ότι το Πατριαρχείο διατηρεί στη Γενεύη το Πατριαρχικό Ινστιτούτο, που θεωρείται μεταπτυχιακό τμήμα. Σε πρόσφατη ερώτηση του «Ρ» σε κύκλους θεολογικών σχολών της Ελλάδος, για τον αν με την επαναλειτουργία της σχολής της Χάλκης θίγεται «η ιστορικότητα των σχολών», όπως λέγεται, μας είπαν ότι όταν λειτουργούσε παλιότερα η σχολή, δεν είχε προκύψει θέμα.

Ελληνικές πηγές εντάσσουν τη Χάλκη στις μειονοτικές επαγγελματικές σχολές εκπαίδευσης κληρικών, δε θεωρείται ανώτατη όπως λένε, ενώ σημειώνουν «τον αυτοεγκλωβισμό της Τουρκίας», όπως τον χαρακτηρίζουν, στο θέμα, αφού η Χάλκη λειτουργούσε πριν από το 1971.