30 λεπτά μετά την πρώτη έκρηξη γίνεται δεύτερη έκρηξη, την ώρα που τα συνεργεία παρέχουν βοήθεια στα θύματα της πρώτης έκρηξης. Είναι ακόμα πιο ισχυρή και με το ωστικό κύμα να εκτοξεύει διαμελισμένα κορμιά ανάκατα με συντρίμμια σε πολλή μεγάλη απόσταση.

«Δεν υπήρχε αμφιβολία ότι το πλοίο είχε υποστεί σαμποτάζ, ότι δεν ήταν ατύχημα λόγω της μεταφοράς των όπλων».

«Απλά, υπήρχε η απόλυτη πεποίθηση ότι ήταν ένα σαμποτάζ που έφερε τη σφραγίδα της CIA», Φιντέλ Κάστρο Ρουζ στην ίδια Διάσκεψη.

Το γεγονός της δεύτερης έκρηξης αποδεικνύει το σχεδιασμό της όλης επιχείρησης του σαμποτάζ. Να τι αναφέρει ο υπάλληλος της στρατιωτικής υπηρεσίας ανεφοδιασμού της Κούβας, Εστανισλάβο Φιγκέρα ντελ Πόσο, που πήρε μέρος στις έρευνες:

«Μετά την πρώτη έκρηξη στο πλοίο, δεν υπήρχε επαρκής χρόνος ώστε κάποιος να μπει ξανά στο πλοίο και να τοποθετήσει εκ νέου εκρηκτικά μέσα στα κιβώτια που βρίσκονταν στις αποθήκες. Επιπλέον, κάποιος θα έπρεπε να σηκώσει αρκετά κουτιά με πολεμοφόδια για να μπορέσει να τοποθετήσει τους εκρηκτικούς μηχανισμούς. Αυτό δε θα ήταν δυνατό και μάλιστα θα απαιτούσε την παρουσία περισσοτέρων του ενός ανθρώπου, πράγμα αδύνατο δεδομένων των μέτρων που πάρθηκαν μετά την πρώτη έκρηξη. Είναι λοιπόν καθαρό ότι οι εκρηκτικοί μηχανισμοί τοποθετήθηκαν στις αποθήκες του πλοίου κατά τη διάρκεια της φόρτωσής του με τα πολεμοφόδια, στην Ευρώπη από εξειδικευμένους ανθρώπους.

Επίσης, με βάση τον τρόπο πακεταρίσματος των πολεμοφοδίων, από ειδικούς σε ειδικές συσκευασίες μέσα σε ξύλινα κουτιά κατάλληλα για τη μεταφορά τους κατά το ταξίδι από το Βέλγιο στην Κούβα, πρέπει απόλυτα να αποκλειστεί το ενδεχόμενο του ατυχήματος από έκρηξη των πολεμοφοδίων λόγω κάποιας κρούσης. Συγκεκριμένα, πριν τη μεταφορά τους είχε γίνει το πείραμα να πεταχτεί ένα κιβώτιο από αεροπλάνο σε μεγάλο ύψος και δεν εξερράγη. Γι' αυτό και πρέπει να αποκλειστεί πλήρως η περίπτωση ατυχήματος».