Με επείγουσα εγκύκλιο που εκδόθηκε στις 31 Δεκέμβρη 1999 και κοινοποιήθηκε σε όλες τις αρμόδιες υπηρεσίες και φορείς, το υπουργείο Οικονομικών διευκρινίζει πως υπάρχουν μια σειρά περιπτώσεων φορολογούμενων, οι οποίοι - αν και παραβίασαν τις φορολογικές τους υποχρεώσεις - απαλλάσσονται από την πληρωμή προστίμων που, ανάλογα με την περίπτωση, κυμαίνονται από 40.000 μέχρι και 400.000 δραχμές. Οπως αναφέρεται στην εγκύκλιο, το πρόστιμο (των 40.000 έως 400.000 δραχμών) επιβάλλεται μόνο στις περιπτώσεις που ο φορολογούμενος παραβαίνει τις υποχρεώσεις του και όχι σε κάθε περίπτωση που υποβάλλει κάποια συμπληρωματική δήλωση.

Με βάση τα παραπάνω, το υπουργείο Οικονομικών διευκρινίζει πως αν ο φορολογούμενος υποβάλλει εκπρόθεσμη δήλωση φορολογίας εισοδήματος για να δηλώσει κάποιο στοιχείο το οποίο παρέλειψε να δηλώσει, αλλά με αυτή την παράλειψή του δεν παραβίασε κάποια φορολογική διάταξη, «δεν επιβάλλεται πρόστιμο, και στην περίπτωση που δεν προκύπτει διαφορά φόρου, για να επιβληθεί πρόσθετος φόρος».

Οι πιο χαρακτηριστικές περιπτώσεις, που οι φορολογούμενοι απαλλάσσονται από την πληρωμή προστίμου, είναι αυτές που αφορούν την υποβολή συμπληρωματικής δήλωσης:

• Για τέκνο που βαρύνει τον υπόχρεο, αλλά αυτός δεν το είχε αναγράψει στην αρχική του δήλωση.
• Για εισόδημα απαλλασσόμενο από το φόρο ή φορολογούμενο με ειδικό τρόπο.
• Για χρηματικό ποσό που προέρχεται από διάθεση περιουσιακού στοιχείου για κάλυψη τεκμαρτής δαπάνης.
• Για έξοδα ιατρικής περίθαλψης.
• Για διόρθωση της επιφάνειας ακινήτου (αύξηση ή μείωση της επιφάνειας σε τ.μ.), η οποία πρέπει να κυμαίνεται μέσα σε λογικά πλαίσια, κατά την κρίση πάντα του προϊσταμένου ΔΟΥ.

Επίσης, δεν επιβάλλεταιτο πρόστιμο που προβλέπεται από το νόμο 2523/97 για τις περιπτώσεις φορολογουμένων:

• Οι οποίοι αν και δεν είναι υποχρεωμένοι να υποβάλλουν δήλωση φορολογίας εισοδήματος, αποφασίζουν να υποβάλουν αυτή τη δήλωση εκπρόθεσμα προκειμένου να τύχει της επιστροφής φόρου που δικαιούται.
• Μισθωτών ή συνταξιούχων, που υποβάλλουν εκπρόθεσμα την αρχική δήλωση φορολογίας εισοδήματος, για εισόδημα που αποκτούν αποκλειστικά από μισθωτές υπηρεσίες, μέχρι το ποσό για το οποίο δεν προκύπτει φόρος με βάση τις διατάξεις του νόμου 2238/97 (παράγραφος 1 άρθρο 9) καθώς και τεκμαρτό εισόδημα από ιδιοκατοίκηση κύριας κατοικίας για το οποίο δεν προκύπτει φόρος.

Τέλος, αμελείται η βεβαίωση προστίμου, στην περίπτωση υποβολής εκπρόθεσμης δήλωσης φορολογίας εισοδήματος, από την οποία προκύπτει η καταβολή ποσού φόρου (κύριου και συμπληρωματικού) κάτω από 5.000 δραχμές.