Ο Αμαζόνιος εκτείνεται από τα υψίπεδα του Περού έως την ακτή της Βραζιλίας στον Ατλαντικό, 6.500 χιλιόμετρα μακριά. Ιδίως τις περιόδους των βροχών, φουσκώνει και πλημμυρίζει μεγάλα τμήματα δάσους, σχηματίζοντας ταυτόχρονα και πολλές μικρές λίμνες. Τροφοδοτείται και τροφοδοτεί μια περιοχή 2,5 εκατομμυρίων τετραγωνικών χιλιομέτρων που καλύπτεται από το τροπικό δάσος με τη μεγαλύτερη βιοποικιλότητα στη Γη. Μέχρι πρόσφατα, οι ερευνητές δεν είχαν ιδέα πόσο μακρόχρονη είναι αυτή η στενή σχέση ανάμεσα στον ποταμό και το δάσος. Η δυσκολία εξερεύνησης της Αμαζονίας είχε σαν αποτέλεσμα οι από μακρόν θεωρίες για την πρώτη περίοδο σχηματισμού του Αμαζονίου και του δάσους του να έχουν έντονο το στοιχείο της εικοτολογίας.

Τα τελευταία 15 χρόνια νέες δυνατότητες για τη μελέτη των πετρωμάτων και των απολιθωμάτων της περιοχής επέτρεψαν στους ερευνητές να σχηματίσουν μια πληρέστερη εικόνα της ιστορίας της Αμαζονίας. Τα ευρήματα δείχνουν ότι η γέννηση του ποταμού ήταν μια περίπλοκη διεργασία που διάρκεσε εκατομμύρια χρόνια και η ανάπτυξή του επηρέασε έντονα την εξέλιξη των φυτών και των ζώων. Αυτά που εύκολα μπορούν να θεωρηθούν απολύτως σταθερά και αμετάβλητα από έναν άνθρωπο στο πλαίσιο της σύντομης - με τα γεωλογικά μέτρα - ζωής του, βρίσκονται στην πραγματικότητα σε διαρκή αλλαγή. Αλλαγή που μπορεί να οδηγήσει στην εμφάνιση γιγαντιαίων ποταμών, στην αλλαγή της χλωρίδας και της πανίδας σε μια τεράστια περιοχή, στην αλλαγή της γεωμορφολογίας μιας ολόκληρης ηπείρου.

Πριν τη δεκαετία του 1990, οι γεωλόγοι γνώριζαν μόνο ότι πολύ ισχυρές κινήσεις των τεκτονικών πλακών του γήινου φλοιού σχημάτισαν την οροσειρά των Ανδεων, με τον ίδιο τρόπο που σχημάτισαν την οροσειρά των Ιμαλαΐων και των Αλπεων. Οι διεργασίες αυτές συνέβησαν κυρίως μεταξύ 23 και 5 εκατομμυρίων ετών πριν τη σημερινή εποχή, στη γεωλογική περίοδο που είναι γνωστή ως Μειόκαινος. Αυτές οι μεγαλειώδεις γεννήσεις οροσειρών είχαν σαν αποτέλεσμα το σχηματισμό νέων ποταμών και την αλλαγή της ροής των υπαρχόντων. Αλλά η ακριβής φύση και χρονολογία των αλλαγών αυτών στη Νότια Αμερική παρέμενε άγνωστη.

Οι περισσότεροι γεωλόγοι θεωρούσαν ότι στο μεγαλύτερο χρονικό διάστημα ύπαρξης της Αμαζονίας, αυτή καλυπτόταν από μια ρηχή θάλασσα και η σημερινή βιοποικιλότητα του δάσους προέκυψε μόνο πρόσφατα. Αποδείχτηκε, όμως, ότι το τροπικό δάσος έσφυζε από ζωή νωρίτερα από το σχηματισμό του Αμαζονίου, πριν από 16 εκατομμύρια χρόνια. Η εξέλιξη του σύγχρονου δάσους επηρεάστηκε έντονα από τη μακρά και γεμάτη δραματικές μεταπτώσεις πορεία σχηματισμού του ποταμού, που ολοκληρώθηκε μόλις πριν από 10 εκατομμύρια χρόνια. Επί 6 εκατομμύρια χρόνια η περιοχή άλλαζε συνεχώς και μόνο δύο φορές στο διάστημα αυτό αυξήθηκε η περιεκτικότητα των νερών των λιμνών σε αλάτι λόγω εισρέοντος θαλάσσιου νερού. Τα επεισόδια διείσδυσης της θάλασσας φαίνεται, με βάση τα απολιθώματα που βρέθηκαν, να διήρκεσαν μερικές δεκάδες χιλιάδες χρόνια το καθένα και σταμάτησαν περίπου την εποχή που άρχισε να σχηματίζεται ο Αμαζόνιος. Με άλλα λόγια, το γλυκό νερό πάντοτε κυριαρχούσε στην Αμαζονία.

Στον Αμαζόνιο βρίσκει κανείς σήμερα ορισμένα είδη ζώων που αποτελούν προσαρμοσμένα στο γλυκό νερό ξαδέλφια αντίστοιχων ζώων που ζουν στη θάλασσα, όπως το δελφίνι του Αμαζονίου. Η ύπαρξή τους στα βάθη της Νότιας Αμερικής μπορεί να εξηγηθεί μόνο αν στο παρελθόν η Αμαζονία ήταν για κάποιο διάστημα πλημμυρισμένη με θαλασσινό νερό. Οταν η θάλασσα αποτραβήχτηκε η εξελικτική πίεση ανάγκασε τα θαλάσσια είδη που βρέθηκαν να κολυμπούν σε γλυκά νερά να προσαρμοστούν στο νέο περιβάλλον.

Είναι μυθιστορηματική η ικανότητα της ζωής να προσαρμόζεται στις μεταβαλλόμενες περιβαλλοντικές συνθήκες. Οι πρόγονοι του δελφινιού ξεκίνησαν από τη θάλασσα σαν μονοκύτταροι οργανισμοί. Στη συνέχεια εξελίχτηκαν σταδιακά σε ψάρια, μετά σε αμφίβια, μετά σε ερπετά, μετά σε θηλαστικά. Τότε ο πρόγονος του δελφινιού ξαναμπήκε στη θάλασσα και προσαρμόστηκε σ' αυτήν και μετά κάποια δελφίνια βρέθηκαν να κολυμπούν στην Αμαζονία, όπου προσαρμόστηκαν σχηματίζοντας το είδος Inia geoffrensis, όπως είναι η επιστημονική ονομασία του δελφινιού του Αμαζονίου. Η υπόλοιπη οικογένεια των δελφινιών από τα οποία προήλθαν τα δελφίνια του Αμαζονίου δεν μπόρεσε στη συνέχεια να τα βγάλει πέρα στη θάλασσα και οδηγήθηκε σε εξαφάνιση. Αν κάποια από τα δελφίνια Inia δεν είχαν προσαρμοστεί στο γλυκό νερό, τότε η οικογένειά τους θα υπήρχε σήμερα μόνο σε μορφή απολιθωμάτων.