Στα χρόνια που ακολουθούν το Σχίσμα του 1054, η Ορθόδοξη Εκκλησία διευρύνει ακόμα περισσότερο το χώρο των δραστηριοτήτων της. Μετά τον εκχριστιανισμό των Ρώσων και των Βουλγάρων, η πνευματική δικαιοδοσία και επιρροή της εντείνονται πολύ πιο πέρα από τα πολιτικά σύνορα της αυτοκρατορίας.³¹

Αν όμως η ρήξη της Ορθόδοξης Εκκλησίας με τη Δύση το 1054 θα μπορούσε να εκληφθεί σαν απόπειρα χειραφέτησής της από τη βυζαντινή κρατική εξουσία που, αυτή, επιδίωκε σταθερά από το δεύτερο μισό του 9ου αιώνα συνεννόηση με τη Δύση³², από τώρα δηλαδή από το 1081, οπότε την εξουσία παίρνει ο αριστοκρατικός οικογενειακός συνασπισμός Κομνηνοί, Δούκες και Αγγελοι, και στο εξής, βυζαντινό κράτος και Ορθόδοξη Εκκλησία ταυτίζονται σχεδόν εντελώς, επικρατεί μεγάλος συντηρητισμός και δεν παρατηρούνται πια μεγάλες έριδες ανάμεσα σε αυτοκράτορες και πατριάρχες, όπως συνέβαινε στο παρελθόν.

Αυτό το τελευταίο δεν αποκλείεται να οφείλεται στον τρόμο που αρχίζει να εμπνέει η Δύση με τους ισχυρούς φεουδαρχικούς σταυροφορικούς στρατούς της σε μια βυζαντινή άρχουσα τάξη, της οποίας το κληρικό τμήμα είναι πολύ πιο φεουδαρχοποιημένο, πολύ πιο μορφωμένο³³ και, έτσι, ισχυρότερο από το λαϊκό της τμήμα, που επί Κομνηνών αρχίζει να μιμείται τα δυτικά πρότυπα.³⁴ Οταν σε μια μεσαιωνική κοινωνία ισχυροποιείται η Εκκλησία, τότε το εμπόριο και η βιοτεχνία βρίσκονται σε αδυναμία να απευθύνουν την παραγωγική τους δραστηριότητα σε ολόκληρη την κοινωνία και αυτός είναι ένας από τους λόγους που οι συντεχνίες στο Βυζάντιο, ιδιαίτερα μετά το Σχίσμα του 1054, παύουν να διαδραματίζουν το ρόλο που διαδραμάτιζαν τουλάχιστον ως την εξέγερση του 1042.³⁵

Στο ιδεολογικό επίπεδο, η βυζαντινή Ορθόδοξη Εκκλησία γίνεται ακόμα πιο δύσπιστη προς κάθε νεοτερισμό, ακόμα λιγότερο ανεκτική και τώρα η κρατική εξουσία συμβαδίζει απόλυτα με τις αποφάσεις της. Το Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης γίνεται τελείως αδιάλλακτο απέναντι στους Δυτικούς, τους Λατίνους, όπως τους αποκαλεί: «Λατίνοι... δυσέρωτες όντες των παρ ημίν αγαθών κακογνωμονούσιν αεί περί το ημέτερον γένος και κακών εισίν τέκτονες διά παντός», θα γράψει ο Νικήτας Χωνιάτης³⁶ , ένας από τους σημαντικότερους βυζαντινούς ιστορικούς.

Η θεολογική, φυσικά ορθόδοξη, κατάρτιση γίνεται τώρα απαραίτητο προσόν για την απόκτηση μιας ανώτερης κρατικής θέσης, οπότε, νομοτελειακά, οι διανοούμενοι της εποχής θα συγκρουστούν με το άκαμπτο κατεστημένο.³⁷ Από την εποχή αυτή κατάγεται το ογκώδες έργο του Ευθύμιου Ζιγαβηνού, γνωστό με το όνομα «Δογματική πανοπλία»³⁸ , όπου καταγγέλλονται συλλήβδην όλες οι αιρέσεις, μαζί με τους Μονοφυσίτες γενικά, τους Αρμένιους ειδικά, τους Παυλικιανούς και τους Βογομίλους, καθώς και τους Μουσουλμάνους.

Την εποχή αυτή θα καταδικαστεί η διδασκαλία του Ιωάννη Ιταλού³⁹ που, ανάμεσα στα άλλα, υποστήριζε ότι η λαϊκή, μη θεολογική επιστήμη διέθετε μια δική της αλήθεια, ότι τα θαύματα του Χριστού και των αγίων ήταν αντίθετα προς τη φύση και ότι, αν οι ιδέες ήταν αιώνιες (νεοπλατωνική αρχή), αιώνια ήταν και η ύλη και η αιωνιότητα των ιδεών και της ύλης προέρχεται περισσότερο από τις πράξεις των ανθρώπων παρά από τη θέληση του θεού.

Παρόλο που σε μια Νεαρά του 1095 ο αυτοκράτορας Αλέξιος Α΄ Κομνηνός (1081-1118) βελτιώνει κάπως τις συνθήκες απελευθέρωσης των δούλων, στην τότε χριστιανική σκέψη επικρατούν σταθερά οι αρχαίες αντιλήψεις περί δουλείας. Μπορεί ο χριστιανισμός να κήρυξε ότι δεν υπάρχει δούλος ούτε ελεύθερος μπροστά στο θεό, αλλά στη Νεαρά του Αλεξίου διαβάζουμε: Εν ανθρώποις είδεν η τύχη δεσποτείαν και δουλείαν διάφορα⁴⁰ . Στη σύγχρονη κοινωνία (χίλια εκατό χρόνια περίπου μετά το Χριστό) η τύχη κατέταξε τους ανθρώπους σε αφέντες και δούλους.

Σε μια έξαρση του δογματικού του ζήλου, το κράτος του Αλέξιου Α΄ Κομνηνού ορίζει το 1116 ότι ο αρχηγός της λαϊκής αίρεσης των Βογομίλων, με μεγάλη απήχηση στις βουλγαρικές επαρχίες της αυτοκρατορίας, μοναχός Βασίλειος θα καεί στην πυρά μέσα στον Ιππόδρομο της Κωνσταντινούπολης: «Και η φλόγα, σαν να είχε μανία εναντίον του, καταβρόχθισε αυτόν τον ασεβή τόσο πολύ, ώστε να μην δημιουργηθεί η παραμικρή μυρωδιά ούτε να αλλάξει ο καπνός, αλλά μόνο να σηκωθεί μια λεπτή γραμμή καπνού ακριβώς στη μέση της πυράς», περιγράφει με εντυπωσιακή βραχυλογική ακρίβεια το τέλος του αιρετικού μια εκλεπτυσμένη γυναίκα, η πορφυρογέννητη πριγκίπισσα Αννα Κομνηνή⁴¹ που, μαζί με το ευσεβέστατο πλήθος, παρακολουθεί ψύχραιμα την απάνθρωπη εκτέλεση⁴².