Η κυβέρνηση, την ίδια περίοδο που φοιτητές και σπουδαστές τάσσονται ενάντια στο νόμο - πλαίσιο και δηλώνουν, με καταλήψεις και διαδηλώσεις, πως δε θα εφαρμοστεί, προωθεί το σχεδιασμό της, αποστέλλοντας στα ιδρύματα εγκύκλιο για τον «τρόπο μετάβασης από το παλιό καθεστώς λειτουργίας όλων των οργάνων διοίκησης των ΑΕΙ στο νέο».

Σύμφωνα με αυτή: Η Σύγκλητος μετά τις 16 Γενάρη του 2012 (που έχει στόχο το υπουργείο να έχει ολοκληρωθεί η διαδικασία συγκρότησης των Συμβουλίων των ιδρυμάτων) θα ασκεί πλήρως τις αρμοδιότητες σύμφωνα με το νέο νόμο. Από το Σεπτέμβρη του 2012, οπότε και σχεδιάζεται η ολοκλήρωση των διαδικασιών εκλογής των νέων κοσμητόρων, η Σύγκλητος συγκροτείται με το νέο μοντέλο, που ορίζει ο νόμος (με ΠΔ θα οριστεί η ακριβής σύνθεσή της).

Αντίστοιχα, το πρυτανικό συμβούλιο εξακολουθεί να ασκεί τα καθήκοντά του, μέχρι τον Σεπτέμβρη του 2012, οπότε και καταργείται για να αναλάβουν οι νέες διοικήσεις, σύμφωνα με τη διαδικασία που ορίζεται στο νόμο - πλαίσιο.

Η Γενική Συνέλευση του Τμήματος θα λειτουργεί μέχρι το τέλος του Ιούλη του 2012, οπότε και στόχος του υπουργείου είναι να μετατραπούν τα τμήματα σε προγράμματα σπουδών, με αντίστοιχη συνέλευση. Οι Γενικές Συνελεύσεις τομέων διατηρούνται μόνο μέχρι την έκδοση των σχετικών ΠΔ, οπότε και καταργούνται.