Ομως, η διαδικασία του εθνικού αποχρωματισμού του Αιγαίου και της υποβάθμισης-κατάργησης των υφισταμένων θαλασσίων συνόρων, τα οποία στηρίζονται σε διεθνείς συνθήκες (Λοζάνης, Μοντρέ, Δίκαιο της Θάλασσας) αλλά και διμερείς (Τουρκίας - Ιταλίας για τα Δωδεκάνησα), έχει ήδη δρομολογηθεί με την αποδοχή της ελληνικής κυβέρνησης.
α) Η Συμφωνία της Μαδρίτης του 1997, όπου η Ελλάδα μετά και τα νέα τετελεσμένα που δημιουργήθηκαν στα Ιμια, αναγνωρίζει - πέραν των νομίμων - και τα «ζωτικά συμφέροντα και ενδιαφέροντα» της Τουρκίας στο Αιγαίο.
β) Αποδοχή από την Ελλάδα της νέας δομής του ΝΑΤΟ, βάσει της οποίας καταργούνται τα εθνικά όρια επιχειρησιακής ευθύνης και τον πρώτο λόγο πλέον για το Αιγαίο τον έχει το ΝΑΤΟικό στρατηγείο της Νάπολης. Η Ελλάδα από το 1999 λειτουργεί στο ΝΑΤΟ με βάση τη νέα δομή και το ΝΑΤΟικό στρατηγείο της Λάρισας δεν έχει ως όρια ευθύνης του την ελληνική επικράτεια.
γ) Συμμετοχή της Ελλάδας σε ΝΑΤΟικές ασκήσεις στο Αιγαίο, όπου είτε εξαιρούνται ολόκληρες περιοχές ελληνικής επικράτειας (νησιά, θάλασσα, αέρας) ως «γκρίζες ζώνες» είτε η ευθύνη της άσκησης και μαζί περιοχών ελληνικής κυριαρχίας ανατίθεται στην Τουρκία.
δ) Νέο κύμα τουρκικών παραβιάσεων του ελληνικού εναέριου χώρου στο Αιγαίο με κύριο χαρακτηριστικό την επιμονή σε συγκεκριμένες περιοχές και τη μεγάλη διάρκεια της παραβίασης.
ε) Στα παραπάνω να προστεθεί και η υπόθεση του λεγόμενου ευρωστρατού, όπου, με βάση την προωθούμενη αγγλοτουρκική συμφωνία, θεσμοθετείται και σε ευρωπαϊκό επίπεδο η αμφισβήτηση των ελληνικών κυριαρχικών δικαιωμάτων στο Αιγαίο και η επικυριαρχία της Τουρκίας.