Η φιλελευθεροποίηση της αγοράς στα αγροτικά προϊόντα, στα πλαίσια της εφαρμογής της νέας ΚΑΠ, οδηγεί στη ραγδαία επιδείνωση του ελλείμματος στο εμπορικό γεωργικό ισοζύγιο από το 1992 και μετά.

Σύμφωνα με στοιχεία του υπουργείου Γεωργίας, το 1992 το έλλειμμα του εμπορικού ισοζυγίου αγροτικών προϊόντων ήταν 81,8 δισ. δραχμές, και με την εφαρμογή της νέας ΚΑΠ, το 1993 εκτινάχτηκε στα 149,4 δισ. δραχμές και το 1994 έφτασε τα 164,8 δισ. δραχμές. Το γεγονός αυτό οφείλεται μόνο και μόνο στη διόγκωση του ελλείμματος στο γεωργικό ισοζύγιο με τις χώρες της Κοινότητας και όχι με τις τρίτες χώρες, αφού με τις τελευταίες μέχρι το 1994 είναι πλεονασματικό. Πιο συγκεκριμένα, το έλλειμμα του γεωργικού ισοζυγίου με τις χώρες της Κοινότητας είναι, σε δραχμές πάντα, το 1992 105,6 δισ., το 1993 διπλασιάστηκε πηγαίνοντας στα 227,8 δισ. και το 1994 μεγάλωσε ακόμα περισσότερο φτάνοντας τα 272,9 δισ. Αντίστοιχα, με τις τρίτες χώρες, το 1992 ήταν πλεονασματικό κατά 23,8 δισ. το 1993 κατά 78,4 δισ. και το 1994 κατά 108 δισ. Οσο για το 1995 εκτιμάται επίσης ότι η εικόνα του ελλείμματος θα είναι ακόμα χειρότερη. Το ανησυχητικό, πάντως, είναι ότι δε φαίνεται στον ορίζοντα μείωση του ελλείμματος, αλλά αντίθετα αναμένεται περαιτέρω επιδείνωσή του, ως αποτέλεσμα και της Συμφωνίας της ΓΚΑΤΤ, η οποία έρχεται να πλήξει καίρια τις επιδοτούμενες εξαγωγές ελληνικών αγροτικών προϊόντων προς τις τρίτες χώρες, με χαρακτηριστικό παράδειγμα τα εσπεριδοειδή.

Οσον αφορά την επιδείνωση του ελλείμματος του εμπορικού ισοζυγίου στα αγροτικά προϊόντα, σε σχέση με τις χώρες τις Ευρωπαϊκής Ενωσης, τα πρωτεία κατέχουν τα ζωοκομικά προϊόντα (γαλακτοκομικά, κρέας κλπ.), τη στιγμή μάλιστα που η ελληνική κτηνοτροφία περνά μεγάλη κρίση. Αυξημένο έλλειμμα, επίσης, δημιουργήθηκε στα δημητριακά, όπου πριν την εφαρμογή της νέας ΚΑΠ ήταν πλεονασματικό, καθώς και στις ζωοτροφές, ενώ την κατιούσα ακολουθούν φρούτα και λαχανικά. Στα ζωοκομικά το έλλειμμα με την ΕΕ, το 1992 ήταν 253,6 δισ. δραχμές, το 1993 275,7 δισ. και το 1994 έφτασε τα 331,5 δισ. δραχμές. Στα δημητριακά, ενώ το ισοζύγιο προς τις χώρες της ΕΕ ήταν πλεονασματικό το 1992 κατά 37,8 δισ. δραχμές, το 1993 έγινε ελλειμματικό κατά 4,1 δισ. και στη συνέχεια το 1994 κατά 1,4 δισ. Στις ζωοτροφές, επίσης, το έλλειμμα ήταν το 1992 19,4 δισ, δραχμές, το 1993 22 δισ. και το 1994 26,5 δισ. Τέλος, το εμπορικό ισοζύγιο στα οπωροκηπευτικά μπορεί να παραμένει πλεονασματικό με τις χώρες τις ΕΕ, ωστόσο όμως, ακολουθεί κάθετη πτώση. Το 1992 ήταν πλεονασματικό κατά 130,9 δισ. δραχμές, το 1993 έπεσε στα 121,6 δισ. και το 1994 πήγε ακόμα πιο χαμηλά, στα 117,2 δισ.