Το 1999 ο Κ. Καραμανλής κατάφερε να επιβεβαιώσει την κυριαρχία του στο εσωκομματικό τοπίο, η οποία είχε ξεκινήσει με τις διαγραφές των έξι στελεχών του κόμματος την προηγούμενη χρονιά. Κατάφερε να εξουδετερώσει την «απειλή Αβραμόπουλου», ο οποίος επιχειρήθηκε να ριχτεί στη μάχη των ευρωεκλογών με στόχο να αποσπάσει ένα σημαντικό ποσοστό ψηφοφόρων της ΝΔ. Ο δήμαρχος, αφού «έπαιξε» περίπου για 4 μήνες με την αυτόνομη κάθοδό του στις ευρωεκλογές, συνεπικουρούμενος από κύκλους της άρχουσας τάξης και το ΠΑΣΟΚ, οι οποίοι φρόντιζαν να του εξασφαλίζουν γκάλοπ τα οποία εμφάνιζαν ότι το νεότευκτο κόμμα του θα έπαιρνε το 17% -25% των ψήφων(!), τελικά αποσύρθηκε «αξιοπρεπώς» για να χρησιμοποιηθεί σε νέα σενάρια. Επίσης, το γεγονός ότι οι Αντ. Σαμαράς και Στ. Μάνος απέτυχαν στις ευρωεκλογές να εκπροσωπηθούν στο Ευρωκοινοβούλιο έλυσε, εν μέρει, και το πρόβλημα της «ενότητας της παράταξης», γεγονός που επέτρεψε στην ηγεσία της ΝΔ να συζητά μαζί τους από θέσεις ισχύος με στόχο την επιβολή των δικών της όρων για την όποια συνεργασία μαζί τους. Παράλληλα, επέμεινε στην «καραμανλοποίηση» του κομματικού μηχανισμού και στη συγκρότηση μιας «ηγετικής ομάδας» απόλυτα ελεγχόμενης από τον ίδιο, προετοιμαζόμενος για τις μελλοντικές εσωκομματικές συγκρούσεις, ιδιαίτερα μετά από ενδεχόμενη αποτυχία του στις βουλευτικές εκλογές. Αξίζει να σημειωθεί ότι στο πλαίσιο των εσωκομματικών ισορροπιών ο Κ. Καραμανλής δεν τόλμησε να συγκρουστεί με την ακροδεξιά πτέρυγα του κόμματός του παρότι προκλήθηκε επανειλημμένα, ακριβώς γιατί «δένουν» περίφημα με τη φυσιογνωμία που έχει προσδώσει στο κόμμα του, όσο και αν επιχειρεί να πείσει ότι εκφράζει το «μεσαίο χώρο».

Η κυριαρχία του Κ. Καραμανλή στο εσωτερικό του κόμματός του δε σημαίνει φυσικά ότι έχει λύσει το εσωκομματικό πρόβλημα και έχει ξεπεράσει τις έριδες, τις ομαδοποιήσεις και την εσωκομματική αμφισβήτηση. Είναι σίγουρο ότι όλα αυτά θα επανέλθουν στο προσκήνιο ακόμα και πριν τις επερχόμενες εκλογές, αν τα γκάλοπ στο μεταξύ δείχνουν ότι «δεν πάει καλά». Δεν είναι τυχαίο ότι η εσωκομματική αμφισβήτηση στο πρόσωπο του ίδιου του Κ. Καραμανλή είχε φτάσει σε επικίνδυνα ύψη λίγο πριν πάρει την απόφαση για να υποστηρίξει την υποψηφιότητα Στεφανόπουλου. Η θεαματική στροφή που έκανε στο ζήτημα της προεδρικής εκλογής τού επέτρεψε να πάρει μια «βαθιά ανάσα», αλλά δεν έχει ξεκαθαρίσει οριστικά τους λογαριασμούς του με τους αντιπάλους του και κυρίως με τον Κ. Μητσοτάκη. Η αναμέτρηση μαζί του μπορεί να αποδειχθεί καθοριστική και να κρίνει την τύχη της ΝΔ στις ερχόμενες εκλογές. Ομως, στις εκλογές, όποιο μήνα και να γίνουν, ο Κ. Καραμανλής θα πρέπει να ιδρώσει πολύ για να ξεγελάσει τους ψηφοφόρους ότι διαφέρει, έστω και στις λεπτομέρειες, από τον Κ. Σημίτη.