«Φραγμό» στα σχέδια κυβέρνησης και Εκκλησίας για την ίδρυση των «εκκλησιαστικών ψευτοπανεπιστημίων» βάζει το Ε' Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας (ΣτΕ). Το Ανώτατο Δικαστήριο υπό την προεδρία του Κ. Μενουδάκου έκρινε παράνομα δύο Προεδρικά Διατάγματα για την αναβάθμιση των Ανώτερων Εκκλησιαστικών Σχολών (ΑΕΣ) και την ένταξή τους στην ανώτατη εκπαίδευση που υλοποιούν το νόμο 4332/2006. Η υπόθεση παραπέμφθηκε στην Ολομέλεια του ΣτΕ, λόγω μείζονος σημασίας.

Στην απόφαση του ΣτΕ, μεταξύ άλλων, επισημαίνονται οι εξής λόγοι για τους οποίους είναι παράνομα τα ΠΔ και κατ' επέκταση η ίδρυση των «ψευτοπανεπιστημίων»:

• Οι εκκλησιαστικές σχολές δεν κατοχυρώνουν την ακαδημαϊκή ελευθερία για τους διδάσκοντες και τους σπουδαστές, καθώς δεν οργανώνονται ως νομικά πρόσωπα πλήρως αυτοδιοικούμενα.
• Η παρεχόμενη εκπαίδευση και οι κατευθύνσεις της έρευνας δεν καθορίζονται από αιρετά όργανα, αλλά ελέγχονται από το Ανώτατο Επιστημονικό Συμβούλιο τα μέλη του οποίου διορίζονται από το υπουργείο Παιδείας και την Εκκλησία της Ελλάδας.
• Η εκπαίδευση στις ΑΕΣ γίνεται για τη διδασκαλία συγκεκριμένου δόγματος και τη «μεταλαμπάδευση αυτούσιων των αληθειών του δόγματος» και όχι χάριν της επιστημονικής μελέτης που προϋποθέτει τη δυνατότητα κριτικής αμφισβήτησης.
• Η διαδικασία επιλογής των σπουδαστών αντίκειται στο σύνταγμα, γιατί περιλαμβάνει προκαταρκτική εξέταση ενώπιον Επιτροπής και θέσπιση συστατικής επιστολής επισκόπου για την εισαγωγή των σπουδαστών.
• Η συνέντευξη των υποψηφίων για την εισαγωγή τους στις ΑΕΣ συνιστά απόκλιση από το ισχύον σύστημα εισαγωγής στην τριτοβάθμια εκπαίδευση, καθώς ζητούνται από τον υποψήφιο ιδιότητες (βλέπε έλεγχος της «πίστης» του) που δε συνδέονται με τη δυνατότητα παρακολούθησης σπουδών στο επίπεδο της τριτοβάθμιας εκπαίδευσης.
• Η συστατική επιστολή του Επισκόπου θεσπίζεται κατ' απόκλιση από τα γενικώς ισχύοντα για την εισαγωγή στην τριτοβάθμια εκπαίδευση και δε γίνεται με αντικειμενικά κριτήρια, αλλά επαφίεται στην κρίση του επισκόπου...