Σημαντική επιβάρυνση του δημοσίου προκύπτει, από υπόθεση προμήθειας εξοπλισμού για το λιμάνι της Θήρας, η οποία έγινε με ευθύνη του Λιμενικού Ταμείου Κυκλάδων.

Συγκεκριμένα, στις 20 Μάη 1999 διεξήχθη δημοπρασία από το Λιμενικό Ταμείο Κυκλάδων για την «προμήθεια Πλωτών Ναυδετών μετά εξαρτημάτων αγκυροβολίας στον όρμο Φηρών - Ν. Θήρας». Σ' αυτή πήραν μέρος τρεις εταιρίες, από τις οποίες η μία απορρίφθηκε, από την πρώτη φάση της δημοπρασίας, πριν το άνοιγμα των οικονομικών προσφορών.

Ηδη, κατά την πρώτη φάση, υπήρξε όπως φαίνεται από τα στοιχεία του φακέλου, μια άδικη βαθμολόγηση για τη μια από τις εταιρίες. Ομως η σκανδαλώδης πλέον ενέργεια, έγινε μετά το άνοιγμα των οικονομικών προσφορών, οπότε, παρά την άδικη βαθμολόγηση, μειοδότης ήταν η «μη επιθυμητή» από την επιτροπή, εταιρία. Ετσι αυθαίρετα και χωρίς ο μειοδότης να τα ζητήσει, η επιτροπή πρόσθεσε ποσό «απρόβλεπτων» εξόδων και άλλαξε τη σειρά μειοδοσίας!!!

Παρά το ότι η εταιρία που μειοδότησε εξέθεσε τις αιτιολογημένες απόψεις της, για το άδικο του αποτελέσματος, η Λιμενική Επιτροπή Κυκλάδων προχώρησε στην έγκριση του αποτελέσματος της δημοπρασίας, αγνοώντας και την παρατήρηση του νομικού συμβούλου ότι η σύνθεση της Επιτροπής Αξιολόγησης (που ήταν 4μελής, αντί 5μελής, όπως ορίζει ο Νόμος) αποτελεί παράνομη ενέργεια.