Η προσφορά του Βελουχιώτη στη δημιουργία των πρώτων ΕΛΑΣίτικων ομάδων, αλλά και στη σύσταση αργότερα των αρχηγείων του ΕΛΑΣ υπήρξε σημαντική, με την αναμφισβήτητη συμβολή και του Στέφανου Σαράφη. Στον Αρη αποδίδεται η έμπνευση και αποκρυστάλλωση των οργανωτικών δομών του ΕΛΑΣ, καθώς και η θέσπιση μιας σειράς στρατιωτικών και ηθικών κανόνων λειτουργίας του αντάρτικου. Δημιουργήθηκε έτσι μια ηθική, πολιτική και οργανωτική σχέση αλληλεγγύης μεταξύ του νεοϊδρυθέντος λαϊκού απελευθερωτικού στρατού με τις φτωχές λαϊκές μάζες και υπεράσπισής τους από την αδικία. Το γεγονός αυτό θα αποβεί ιδιαίτερα θετικό στην τόνωση του ηθικού των δεύτερων, καθώς και στην ανάπτυξη των γραμμών και του κύρους του πρώτου.
Οι στρατιωτικές επιτυχίες του ΕΛΑΣ (όπως αυτή στο Γοργοπόταμο κ.ά.) και η σταδιακή εκκαθάριση ευρύτερων τμημάτων της επαρχιακής Ελλάδας από τους τοπικούς αντιπροσώπους της κατοχικής κυβέρνησης έδωσαν το έναυσμα και αποτέλεσαν τη βάση για την ανάδειξη της λαϊκής αυτοδιοίκησης. Οι αντικειμενικά αυξανόμενες ανάγκες συντονισμού του ραγδαία αναπτυσσόμενου ΕΛΑΣ οδήγησαν, το Μάη του 1943, στη συγκρότηση του Γενικού Στρατηγείου. Ο Βελουχιώτης επωμίστηκε την ευθύνη του καπετάνιου του ΓΣ του ΕΛΑΣ, με στρατιωτικό αρχηγό τον στρατηγό Στέφανο Σαράφη και πολιτικό αντιπρόσωπο του ΕΑΜ τον Ανδρέα Τζήμα (Σαμαρινιώτη).
Το Φλεβάρη - Μάρτη του 1945, ο Αρης ήρθε σε επαφή με στελέχη του ΚΚΕ, προκειμένου να οργανωθεί η συνέχιση του ένοπλου αγώνα. Το Κόμμα επιχείρησε να τον μεταπείσει. Σε συνάντηση στα Τρίκαλα με ηγετικό στέλεχος του ΚΚΕ, προτάθηκε στον Αρη να γυρίσει στην Αθήνα, προκειμένου να αναλάβει επικεφαλής στην υπό ίδρυση «Συνομοσπονδία Εθνικών Αγωνιστών». Ο Αρης αρνήθηκε, αποφεύγοντας όμως τη «σύγκρουση». Στη συνέχεια, παρουσιάστηκε σε μία κομματική σύσκεψη στη Ρούμελη, όπου κατήγγειλε ανοιχτά την πολιτική του ΚΚΕ, προτείνοντας τη δημιουργία του «Μετώπου Εθνικής Ανεξαρτησίας» (ΜΕΑ).
Τελικά, συμφωνήθηκε να αναστείλει ο Αρης κάθε δραστηριότητα, έως ότου αποφασίσει το ΠΓ να δεχτεί προηγούμενη πρότασή του να φύγει στο εξωτερικό. Το απαραίτητο, όμως, φύλλο πορείας δεν έφτασε ποτέ. Μια βδομάδα μετά, ο Βελουχιώτης απηύθυνε επιστολή «προς όλα τα μέλη της ΚΕ του ΚΚΕ», στην οποία επαναλάμβανε για άλλη μια φορά τις απόψεις και τις διαφωνίες του. Η 11η Ολομέλεια της ΚΕ (5-10 Απρίλη) καταδίκασε τη στάση του και αποφάσισε τη διαγραφή του.
Στις 29 Μάη επέστρεψε στην Αθήνα από το γερμανικό στρατόπεδο Νταχάου, όπου ήταν κρατούμενος επί 4 χρόνια, ο Νίκος Ζαχαριάδης, Γενικός Γραμματέας της ΚΕ του ΚΚΕ, αναπτερώνοντας το ηθικό του ΕΑΜικού κόσμου γενικότερα, αλλά και του Αρη ειδικότερα. Ο τελευταίος επιδίωξε συνάντηση μαζί του και, μέσω του αδελφού του Μπάμπη Κλάρα, απέστειλε στον Νίκο Ζαχαριάδη αναλυτική επιστολή, προκειμένου να του εκθέσει τις απόψεις του. Σύμφωνα, μάλιστα, με μαρτυρία του συμπολεμιστή του Η. Αρμάγου, την περίοδο που ο Αρης καταδιωκόταν από τον κυβερνητικό στρατό βρισκόταν καθ' οδόν για την Αθήνα, με σκοπό να τον συναντήσει και προσωπικά. Η συνάντηση, όμως, αυτή δεν πραγματοποιήθηκε. Στις 15 Ιούνη η ομάδα του Αρη βρέθηκε περικυκλωμένη και, συνειδητοποιώντας πως δεν υπήρχε διέξοδος διαφυγής, αποφάσισε να αυτοκτονήσει.
Η διαγραφή του δεν αναιρεί την προσφορά του ως κομμουνιστή, ανεξάρτητα από το ότι η δικαιολόγηση της διαγραφής εμπεριείχε και άδικους χαρακτηρισμούς. Ανησυχούσε και ο Αρης για την πορεία του αγώνα, καθώς και για την τύχη χιλιάδων πρώην συμπολεμιστών του, οι οποίοι μετά τη «Συμφωνία της Βάρκιζας» καταδιώκονταν από το αστικό κράτος, ενώ διαφωνούσε με την εκτίμηση του συσχετισμού δυνάμεων που έκανε το ΚΚΕ και την επιλογή των μορφών πάλης στη συγκεκριμένη περίοδο. Λειτούργησε, όμως, μεμονωμένα και σπασμωδικά, όχι συλλογικά και με υπομονή. Από μαρτυρίες συντρόφων και συμπολεμιστών του, φαίνεται ότι αυτά ίσως είχε αρχίσει να τα συνειδητοποιεί προς το τέλος, όμως ήταν πλέον αργά.
Σε ποιο βαθμό μπορεί να ισχύει ο ισχυρισμός που προβάλλεται, πως η τύχη της Ελλάδας θα ήταν διαφορετική αν είχαν υιοθετηθεί οι απόψεις του Αρη στη δεδομένη χρονική στιγμή; Μια τέτοια διατύπωση είναι σαφώς υπεραπλουστευμένη και αντιεπιστημονική, κινείται στα όρια της μυθοπλασίας. Η ιστορία δε γράφεται με «αν». Αυτό που μπορούμε όμως να πούμε με βεβαιότητα είναι πως, αν ο Αρης είχε πειθαρχήσει και δεν οδηγούνταν στην τραγική κατάληξη που οδηγήθηκε, θα μπορούσε να αξιοποιηθεί στον ένοπλο αγώνα της περιόδου 1946-1949.