Η αντίθεση στο πνεύμα της Διακήρυξης της Μπολόνια ήταν το στίγμα των ομιλιών των πρυτάνεων του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου Θ. Ξανθόπουλου και του Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθήνας Γ. Μπαμπινιώτη, οι οποίοι μίλησαν εκ μέρους της Συνόδου των Πρυτάνεων και ήταν οι βασικοί εισηγητές του σεμιναρίου στην πρωινή συνεδρίαση του Σαββάτου.

Ο πρύτανης του Πανεπιστημίου Αθήνας, αναφερόμενος κατ' αρχήν στην έννοια «σύγκλιση των ευρωπαϊκών συστημάτων ανώτατης εκπαίδευσης» διερωτήθηκε αν την οικονομική σύγκλιση την πληρώσαμε με λιτότητα, την εκπαιδευτική με τι θα την πληρώσουμε. Αναφερόμενος στη μείωση της διάρκειας των προπτυχιακών σπουδών, είπε ότι παιδεία με τα ψέματα, με λίγες ώρες και συσσωρευμένες γνώσεις δε γίνεται, γιατί όπως υποστήριξε χρειάζεται μια άνεση χρόνου για να είναι η παιδεία αφομοιώσιμη. Συνέδεσε δε την επιλογή για τρίχρονες αντί τετράχρονες σπουδές με οικονομικά κίνητρα, κάνοντας λόγο για «φτηνές σπουδές» και ζήτησε οι σπουδές να παραμείνουν τετραετείς κατά βάση.

Ο πρύτανης του ΕΚΠΑ δεν παρέλειψε να αναφερθεί και στην υπάρχουσα κατάσταση στα ελληνικά ΑΕΙ. «Καθόμαστε και μιλάμε για την Μπολόνια και καίγεται το σπίτι μας», είπε χαρακτηριστικά, κάνοντας λόγο για τεράστια προβλήματα υποδομής που αντιμετωπίζουν τα ΑΕΙ. Αναφερόμενος δε στην περιβόητη «κινητικότητα» κάλεσε να τεθούν όρια «για να μην έχουμε φοιτητές - γυρολόγους».

Ο Θ. Ξανθόπουλος, πρύτανης του ΕΜΠ, στην ομιλία του είπε ότι ο κύριος στόχος της Διακήρυξης της Μπολόνια είναι η ικανοποίηση των απαιτήσεων της αγοράς εργασίας, που επιβάλλει γρήγορη μαζική χορήγηση αναλώσιμων επαγγελματικών εφοδίων. Και αναφερόμενος στο σημείο αιχμής της Διακήρυξης, είπε ότι είναι η μείωση του κόστους των σπουδών, με την υιοθέτηση των δύο κύκλων, του προπτυχιακού και μεταπτυχιακού. Εκανε λόγο δε για μετάλλαξη των ανώτερων σχολών σε πανεπιστήμια χωρίς να γίνεται προσπάθεια ουσιαστικής αναβάθμισής τους. Σύμφωνα με τον πρύτανη του ΕΜΠ, το δικαίωμα ισότιμης πρόσβασης του Ευρωπαίου πολίτη στα πανεπιστήμια, σε συνδυασμό με τη συρρίκνωση των δαπανών για την ανώτατη εκπαίδευση, οδηγούν στην απόρριψη αυτού του σημείου τομής της Διακήρυξης της Μπολόνια, του σπασίματος των σπουδών σε δύο κύκλους.